Пени по НДС: линия защиты

5 апреля 2026  —  Роман Дежнёв, эксперт по налоговым спорам

Шаг 1. Получить решение и понять, из чего считают пени

Доначисление НДС — это всегда два разных требования, которые идут в одном пакете: сама недоимка и пени на неё. Пени по ст. 75 НК РФ [REGISTRY] начисляются за каждый календарный день просрочки уплаты налога, начиная с даты, когда он должен был быть уплачен. По НДС срок уплаты — 28-е число каждого из трёх месяцев, следующих за отчётным кварталом, равными частями (п. 1 ст. 174 НК РФ). Если инспекция доначисляет налог за несколько кварталов, счётчик пеней запущен с каждой из этих дат.

Первое, что нужно сделать после получения решения: сверить расчёт недоимки поквартально. База для пеней — это именно сумма недоимки, а не весь доначисленный НДС скопом. Если инспекция ошиблась в периоде или неправомерно объединила несколько эпизодов в один, база занижена или завышена. Ошибка в базе — это ошибка в пенях, и её можно оспорить отдельно, даже если спор по существу ещё не выигран.

Ставку и порядок расчёта пеней по ст. 75 НК РФ — уточните по текущей редакции [VERIFY]: параметры ставки периодически корректировались законодателем, и актуальная цифра влияет на итоговую сумму. Часто в решении есть арифметические ошибки — проверяйте каждую строку.

Шаг 2. Оценить основание доначисления по ст. 54.1 НК РФ

Пени по НДС — производный элемент. Их размер определяется размером недоимки. Поэтому главный вопрос защиты всегда один: обоснованно ли само доначисление? Если удаётся снизить или полностью снять недоимку, пени снижаются пропорционально без отдельного обжалования их расчёта.

Инспекция, как правило, отказывает в вычете НДС по одному из трёх оснований. Первое — формальные нарушения в счёте-фактуре (ст. 169 НК РФ [REGISTRY]): неверные реквизиты, отсутствие подписи уполномоченного лица. Второе — претензии к контрагенту: технический поставщик в цепочке, разрыв в АСК НДС-2, признак выгодоприобретателя. Третье — отрицание реальности операции: инспекция утверждает, что товар не поставлялся или услуга не оказывалась.

По ст. 54.1 НК РФ [REGISTRY] для отказа в вычете инспекция должна доказать хотя бы одно из двух: либо операция нереальна, либо надлежащее исполнение не получено от контрагента по договору (исполнение переложено на третье лицо, которое налог не платит). Если инспекция ограничилась только претензиями к контрагенту, но не оспорила реальность самой хозяйственной операции — это уязвимость позиции инспекции. Суды при оценке реальности учитывают совокупность доказательств: первичные документы, товаросопроводительные документы, факт оплаты, деловую переписку, показания сотрудников, технические возможности поставщика.

Для собственника важно понимать: если доначисление строится исключительно на «разрыве» в АСК НДС-2 без анализа реальности поставки — это классически атакуемая позиция. Разрыв в системе — сигнал инспекции, а не доказательство нарушения со стороны вашей компании.

Шаг 3. Подать апелляционную жалобу до вступления решения в силу

Досудебный порядок обжалования — обязательный этап, без которого арбитражный суд не примет заявление (ст. 137–139 НК РФ [REGISTRY]). Апелляционная жалоба подаётся через инспекцию, вынесшую решение, в вышестоящий налоговый орган — до вступления решения в силу. Срок — уточните по актуальной редакции НК РФ [VERIFY], поскольку в 2024–2025 годах порядок корректировался.

Ключевое практическое значение апелляции: пока жалоба не рассмотрена, решение не вступает в законную силу и не может быть принудительно исполнено. Это означает, что счётчик взыскания приостановлен — и хотя пени по ст. 75 НК РФ продолжают начисляться на сумму недоимки, принудительного списания со счёта в этот период нет.

Апелляция — не формальность. Статистика показывает, что вышестоящий налоговый орган частично или полностью удовлетворяет значительную долю жалоб, особенно когда в деле есть очевидные процессуальные нарушения инспекции: нарушение сроков проверки, непредставление части материалов проверяемому, неизвещение о рассмотрении возражений. Каждый из этих доводов — отдельный аргумент в жалобе.

Структура апелляционной жалобы: изложение фактических обстоятельств, правовая позиция (со ссылками на нормы и судебную практику), описание нарушений процедуры проверки, расчёт оспариваемой суммы с разбивкой на недоимку, пени и штраф по ст. 122 НК РФ. Штраф по ст. 122 НК РФ составляет 20% от неуплаченной суммы при неосторожности и 40% при умысле (п. 1 и п. 3 ст. 122 НК РФ) — это предмет самостоятельного оспаривания через смягчающие обстоятельства.

• Получить решение по проверке и зафиксировать дату вручения — от неё считается срок на апелляцию.
• Провести поквартальную сверку расчёта недоимки и пеней — найти арифметические и методологические ошибки.
• Собрать первичные документы по каждому спорному эпизоду: счета-фактуры, ТТН, акты, платёжные поручения, деловая переписка.
• Подготовить возражения на акт проверки (или апелляционную жалобу), включая процессуальные нарушения инспекции.
• Оценить наличие переплаты по НДС в периодах доначисления для заявления о зачёте.

Шаг 4. Оспорить решение в суде и зафиксировать пени обеспечительными мерами

Если вышестоящий налоговый орган отказал или удовлетворил жалобу лишь частично — следующий этап: заявление в арбитражный суд по ст. 198 АПК РФ [REGISTRY]. Срок подачи заявления в суд — уточните по актуальной редакции АПК РФ [VERIFY]; его пропуск требует ходатайства о восстановлении с указанием уважительных причин.

С момента подачи заявления в суд критически важно сразу же заявить ходатайство о приостановлении действия оспариваемого решения — обеспечительные меры. Это инструмент ст. 90–92 АПК РФ. Если суд удовлетворяет ходатайство, налоговый орган не вправе взыскивать недоимку и пени принудительно до вступления судебного решения в силу. Пени при этом фиксируются — они перестают нарастать с даты определения о принятии обеспечительных мер, поскольку основание для принудительного исполнения приостановлено.

Практика по обеспечительным мерам в налоговых спорах неоднородна: суды оценивают вероятность причинения значительного ущерба заявителю и баланс интересов сторон. Для собственника доводы в пользу обеспечения — угроза прекращения деятельности компании, существенная доля спорной суммы относительно оборота, наличие имущества, обеспечивающего возможное взыскание. Чем детальнее обоснование ходатайства — тем выше шанс его удовлетворения.

Шаг 5. Оспорить штраф через смягчающие обстоятельства

Пени и штраф — это разные инструменты. Пени по ст. 75 НК РФ — компенсационный механизм, они следуют размеру недоимки и не снижаются отдельно (только вместе с недоимкой). Штраф по ст. 122 НК РФ — это мера ответственности, и здесь работают смягчающие обстоятельства.

Штраф составляет 20% от неуплаченной суммы при неосторожности (п. 1 ст. 122 НК РФ) и 40% при умысле (п. 3 ст. 122 НК РФ). С принятием 425-ФЗ от 28.11.2025 максимальное снижение штрафа при наличии смягчающих обстоятельств ограничено: не более чем в 10 раз. Это законодательное ограничение действует с 01.01.2026 — оно важно для текущих споров.

Типичные смягчающие обстоятельства, признаваемые судами: первичность нарушения (ранее налогоплательщик не привлекался к ответственности), добросовестное поведение в ходе проверки (представлял документы, не уклонялся), социальная значимость деятельности компании, тяжёлое финансовое положение, частичная добровольная уплата доначисленного налога до завершения спора. Совокупность нескольких обстоятельств усиливает позицию.

Важно: квалификация нарушения как умышленного (40%) требует от инспекции доказательств — не предположений. Если в решении указан умысел, но доказательная база слабая (нет доказательств координации, искусственных схем, согласованных действий), оспаривание квалификации умысла — самостоятельный и часто успешный аргумент. Переквалификация умышленного нарушения в неосторожность сразу снижает штраф вдвое ещё до применения смягчающих обстоятельств.

Шаг 6. Проверить переплату и сальдо по ЕНС

С введением Единого налогового счёта (ЕНС) механика зачёта изменилась. Если на ЕНС есть положительное сальдо — инспекция обязана учесть его при расчёте пеней за соответствующий период. Пени начисляются не на валовое доначисление, а на фактическую недоимку с учётом имеющихся переплат.

Собственнику важно запросить выписку по ЕНС за спорные периоды. Если переплата по НДС существовала в те кварталы, за которые доначислен налог, — это прямой аргумент для снижения пеней. Нередко инспекция при формировании требования не учитывает переплату в расчёте пеней — и это оспоримая ошибка.

Кроме того, при наличии переплаты по другим налогам на ЕНС в периоде доначисления — проверьте, была ли она зачтена. Порядок зачёта уточните по актуальной редакции ст. 78 НК РФ [VERIFY]: механика зачёта в рамках ЕНС менялась, и конкретные правила важны для расчёта.

Материал носит информационный характер и не является юридической консультацией. Нормы и правоприменительная практика могут измениться — проверяйте актуальность по текущей редакции НК РФ и АПК РФ.