Доначисление НДС: сроки и этапы

31 марта 2026 — Роман Дежнёв, эксперт по налоговым спорам

Что такое доначисление НДС и почему оно возникает

Доначисление НДС — это решение налогового органа о том, что налогоплательщик уплатил налог в меньшем размере, чем следовало. Инспекция восстанавливает разницу, добавляет штраф по ст. 122 НК РФ (20% от неуплаченной суммы при неосторожности или 40% при умысле) и начисляет пени по ст. 75 НК РФ за каждый день просрочки.

Для собственника бизнеса доначисление НДС — это не просто бухгалтерская проблема. Это требование к компании, которое при определённых условиях может перейти в субсидиарную ответственность руководителя и собственника. Поэтому разобраться с ситуацией нужно быстро и системно.

Наиболее распространённые основания для доначисления НДС:

• Разрывы в цепочке поставщиков, выявленные через АСК НДС-2: контрагент не отразил реализацию, и система фиксирует расхождение.
• Претензии к реальности операции по ст. 54.1 НК РФ: инспекция считает, что сделка фиктивна или исполнена не тем лицом, которое указано в документах.
• Ошибки в счетах-фактурах или их отсутствие: нарушения ст. 169 НК РФ лишают права на вычет.
• Восстановление ранее принятого вычета: инспекция настаивает, что условия применения вычета по ст. 172 НК РФ не соблюдены.
• Переквалификация операции: не облагаемая НДС операция признаётся облагаемой, или наоборот — применение льготы по ст. 149 НК РФ признаётся необоснованным.

Этап 1. Акт проверки: первое окно для защиты

Акт проверки — первый официальный документ, в котором инспекция излагает претензии. По итогам камеральной проверки акт составляется в течение 10 рабочих дней после её окончания. По итогам выездной — в течение двух месяцев после составления справки об окончании проверки. Акт вручается налогоплательщику лично или направляется по ТКС.

С момента получения акта начинается отсчёт срока для подачи письменных возражений. Этот срок составляет один месяц. Не «около месяца» и не «можно попозже» — ровно один месяц, пропуск которого не лишает права на возражения формально, но фактически сужает пространство для манёвра.

Что важно сделать в этот период:

• Внимательно изучить каждый эпизод акта и сопоставить с первичными документами.
• Разделить претензии на те, где есть документальные пробелы, и те, где инспекция ошибается в правовой квалификации.
• Подготовить возражения по каждому эпизоду отдельно: общая «несогласен со всем» позиция работает значительно хуже, чем поэпизодный разбор.
• Собрать дополнительные документы, подтверждающие реальность операции: деловую переписку, товарно-транспортные накладные, акты приёмки, платёжные поручения.

Важный нюанс: то, что не заявлено в возражениях на акт, будет значительно сложнее использовать на последующих стадиях — в УФНС и тем более в суде. Первый этап формирует доказательную базу всего спора.

Этап 2. Рассмотрение материалов и решение инспекции

После истечения срока на возражения инспекция назначает дату рассмотрения материалов проверки. Налогоплательщик вправе присутствовать и давать устные пояснения — этим правом пренебрегать не стоит. На рассмотрении можно дополнить письменные возражения, представить документы, которые не были приложены ранее, и зафиксировать позицию инспекции.

По результатам рассмотрения инспекция выносит решение. Как правило, оно принимается в течение 10 рабочих дней после окончания срока подачи возражений, однако инспекция вправе продлить этот срок ещё на один месяц. На практике затягивание рассмотрения — частое явление: используется для сбора дополнительных доказательств через встречные проверки и допросы.

Решение может быть двух видов: о привлечении к ответственности (с доначислением, штрафом и пенями) и об отказе в привлечении (только доначисление и пени, без штрафа — как правило, при истечении срока давности по ст. 113 НК РФ или по иным основаниям). Для собственника принципиально важно понять, какой вид решения вынесен: это влияет на расчёт суммарной нагрузки и стратегию обжалования.

Решение вручается налогоплательщику в течение пяти рабочих дней после его вынесения. Дата вручения — это точка отсчёта для апелляционной жалобы. Потеря этой даты из виду — одна из самых дорогостоящих ошибок.

Этап 3. Досудебное обжалование в УФНС — обязательный шаг

Это тот этап, который многие собственники хотят пропустить, считая его формальностью. На практике — это полноценная стадия защиты, где выигрывается часть эпизодов.

Апелляционная жалоба подаётся через инспекцию, вынесшую решение, в вышестоящий налоговый орган — УФНС по субъекту. Срок — один месяц с момента вручения решения. Это критично: пока жалоба не рассмотрена, решение не вступает в силу и взыскание не начинается. После истечения месяца решение вступает в силу, и инспекция вправе начать принудительное взыскание.

Если месячный срок пропущен, остаётся возможность подать жалобу (не апелляционную) в течение одного года с момента вынесения решения, но уже после его вступления в силу. Это значит, что взыскание к тому моменту может быть уже начато.

УФНС рассматривает апелляционную жалобу в течение одного месяца. Этот срок может быть продлён ещё на один месяц при истребовании дополнительных материалов. Итого — реально два месяца, в течение которых взыскание приостановлено. Это время нужно использовать для подготовки к арбитражному суду.

Что важно сделать на этом этапе:

• Не дублировать возражения механически — жалоба должна содержать новые правовые аргументы и ссылки на судебную практику по аналогичным ситуациям.
• Указать на процессуальные нарушения при проведении проверки, если они есть: это самостоятельное основание для отмены решения.
• Оценить, какие эпизоды УФНС реально может отменить, а по каким спор уйдёт в суд — это позволит разумно распределить усилия.

Этап 4. Арбитражный суд: как устроен процесс

Заявление об оспаривании решения налогового органа подаётся в арбитражный суд по месту нахождения инспекции в течение трёх месяцев с момента, когда налогоплательщик узнал о нарушении своих прав. Практически это три месяца с даты вручения решения УФНС по апелляционной жалобе. Основание — ст. 198 АПК РФ.

Первое, что нужно сделать одновременно с подачей заявления или сразу после, — это ходатайство об обеспечительных мерах. Суд вправе запретить инспекции списывать деньги со счетов компании до вынесения решения по делу. Для удовлетворения ходатайства нужно обосновать два условия: списание нанесёт значительный имущественный ущерб и принятие мер не нарушит публичные интересы. На практике суды принимают обеспечительные меры чаще, когда сумма доначисления сопоставима с оборотными средствами или когда принудительное взыскание угрожает остановке производства.

Рассмотрение дела в первой инстанции занимает в среднем от трёх до шести месяцев. По итогам суд либо признаёт решение инспекции недействительным (полностью или в части), либо отказывает в удовлетворении заявления. Решение вступает в силу через месяц, если не подана апелляционная жалоба.

Ключевые правовые позиции, которые работают в суде:

• Реальность операции: подтверждается первичными документами, перепиской, фактом использования приобретённого товара или результата работ.
• Проявление должной осмотрительности: налогоплательщик проверял контрагента до заключения договора — запрашивал учредительные документы, проверял по открытым реестрам.
• Процессуальные нарушения: несоблюдение инспекцией порядка проведения проверки или вынесения решения по ст. 101 НК РФ может стать самостоятельным основанием для отмены.
• Несоответствие выводов инспекции фактическим обстоятельствам: суд оценивает доказательства самостоятельно и не связан позицией налогового органа.

Штрафы, пени и смягчение — как работает механизм

Параллельно с оспариванием самого доначисления имеет смысл работать со штрафными санкциями. По ст. 122 НК РФ штраф за неуплату НДС составляет 20% от неуплаченной суммы при неосторожной форме вины и 40% при умышленной. Закон 425-ФЗ от 28.11.2025 ввёл ограничение: максимальное снижение штрафа при наличии смягчающих обстоятельств — не более чем в 10 раз.

Смягчающие обстоятельства, которые реально учитываются:

• Нарушение совершено впервые.
• Налогоплательщик самостоятельно уплатил часть задолженности до вынесения решения.
• Тяжёлое финансовое положение компании или работники, чьи интересы пострадают от взыскания.
• Незначительный период просрочки.

Пени по ст. 75 НК РФ начисляются за каждый день просрочки. Порядок расчёта пеней уточните по текущей редакции [VERIFY] — ставка привязана к ключевой ставке ЦБ РФ и менялась. Важно понимать: пени начисляются независимо от наличия вины, их нельзя снизить через смягчающие обстоятельства, но можно уменьшить, быстро погасив основной долг.

Если доначисление оспаривается и суд принял обеспечительные меры, пени продолжают начисляться на спорную сумму до фактической уплаты. Это стимул не затягивать процесс без веских оснований.

Обеспечительные меры: как не дать списать деньги в момент спора

После вступления решения в силу инспекция вправе принять собственные обеспечительные меры по ст. 101 НК РФ: запрет на отчуждение имущества или приостановление операций по счетам. Эти меры применяются в пределах суммы доначисления и только при наличии оснований полагать, что их непринятие затруднит исполнение решения.

Параллельно налогоплательщик в суде может ходатайствовать об обеспечительных мерах по ст. 90 АПК РФ — о запрете инспекции списывать денежные средства на время рассмотрения дела. Это разные инструменты, действующие на разных стадиях, но с одной логикой: защитить активы компании до окончательного разрешения спора.

Для собственника важно: если деньги списаны принудительно до окончания судебного спора, а суд впоследствии признаёт доначисление незаконным — излишне взысканное подлежит возврату с процентами. Но это долгий путь. Гораздо эффективнее вовремя заявить ходатайство об обеспечительных мерах и приостановить взыскание.

• Получен акт проверки — немедленно зафиксировать дату получения и отсчитать один месяц для возражений.
• Подготовить поэпизодные возражения с документами, подтверждающими реальность каждой операции.
• После решения инспекции — подать апелляционную жалобу в УФНС в течение одного месяца с момента вручения решения.
• После решения УФНС — в течение трёх месяцев подать заявление в арбитражный суд по ст. 198 АПК РФ и одновременно ходатайство об обеспечительных мерах.
• Параллельно заявить смягчающие обстоятельства по штрафу — снижение возможно на всех стадиях.

Материал носит информационный характер и не является юридической консультацией. Для оценки конкретной ситуации обратитесь к специалисту.

31 марта 2026