Вычеты НДС на УСН: медицина

Почему медицина на УСН платит НДС не так, как все

Первая реакция руководителя медицинской клиники на новость о НДС для упрощенцев нередко такая: «Нас это не касается, мы на упрощёнке.» Это возражение понятно, но его нужно уточнить. С 2025 года упрощёнка перестала быть щитом от НДС автоматически. 176-ФЗ от 12.07.2024 сделал все организации и ИП на УСН плательщиками НДС по умолчанию. 425-ФЗ от 28.11.2025 установил порог освобождения: если доход за предыдущий год не превысил 20 млн рублей, клиника вправе не платить НДС по ст. 145 НК РФ.

Но для медицины есть ещё один слой — отраслевая льгота ст. 149 НК РФ. Большинство медицинских услуг (лечение, диагностика, профилактика, скорая помощь и ряд других позиций по перечню Правительства РФ) освобождены от НДС вне зависимости от системы налогообложения. Это значит, что даже если клиника на УСН превысила порог в 20 млн рублей и формально должна платить НДС, по медицинской выручке она всё равно его не начислит — при условии соответствия перечню ст. 149.

Таким образом, вычеты НДС на УСН в медицине — это вопрос нескольких пересекающихся норм: ст. 145 (освобождение по выручке), ст. 149 (отраслевая льгота), ст. 164 (выбор ставки для тех, кто платит НДС) и ст. 170–172 (вычеты и их ограничения). Рассмотрим каждый уровень отдельно.

Освобождение по ст. 145 НК РФ: кому подходит и что теряется

Освобождение по п. 1 ст. 145 НК РФ (в редакции 425-ФЗ от 28.11.2025) доступно тем, чей совокупный доход за предыдущий год не превысил 20 млн рублей. Для ИП на УСН с 2026 года дополнительно: проценты по банковским вкладам не включаются в расчёт этого порога (104-ФЗ от 25.04.2026). Порог 20 млн рублей заморожен на несколько лет (закон лета 2026, законопроект № 1256655-8); точные годы дальнейшего снижения уточняются [VERIFY].

Что даёт освобождение по ст. 145: клиника не исчисляет и не уплачивает НДС с реализации. Декларация по НДС не подаётся. Счёт-фактура либо не выставляется, либо выставляется с пометкой «Без НДС» (ст. 168 НК РФ). Для клиник, работающих преимущественно с физическими лицами (пациентами, а не корпоративными заказчиками), это оптимальный сценарий: конечный потребитель не нуждается в вычете, а административная нагрузка минимальна.

Обратная сторона: входящий НДС от поставщиков — медицинского оборудования, расходных материалов, лекарств — к вычету не принимается (ст. 170 НК РФ). Он включается в стоимость активов и списывается через амортизацию или в расходы по мере использования. Для клиники, закупающей дорогостоящее оборудование с НДС, это реальная потеря: при ставке 22% на оборудование стоимостью, например, 5 млн рублей входящий НДС составит значительную сумму, которую нельзя будет вернуть. Если закупки крупные — стоит сравнить сценарии.

Отраслевая льгота ст. 149 НК РФ: что освобождено в медицине

Статья 149 НК РФ устанавливает перечень операций, не подлежащих обложению НДС. Для медицины ключевые позиции — это медицинские услуги, оказываемые медицинскими организациями и ИП, в том числе по диагностике, профилактике, лечению и медицинской реабилитации, а также скорая помощь и ряд иных услуг по перечню Правительства РФ.

Важный нюанс: льгота ст. 149 действует при наличии лицензии на медицинскую деятельность. Без лицензии освобождение не применяется. Если клиника оказывает часть услуг без лицензионного покрытия — эта часть облагается НДС в общем порядке. Кроме того, льгота распространяется именно на медицинские услуги, а не на сопутствующие (например, продажа косметических средств, платная парковка, аренда оборудования третьим лицам — всё это может облагаться НДС).

Для клиники на УСН, которая превысила порог 20 млн рублей и должна исчислять НДС, льгота ст. 149 становится основным инструментом: медицинская выручка не облагается НДС по существу операции, а не только потому что клиника «маленькая». Это значит, что крупная клиника с выручкой, например, в 100 млн рублей не заплатит НДС с медицинских услуг при наличии лицензии — только с немедицинской выручки, если она есть.

Вопрос вычетов в этом случае: если реализация освобождена по ст. 149, входящий НДС по расходам, относящимся к этой деятельности, к вычету не принимается (ст. 170 НК РФ). При наличии облагаемых и необлагаемых операций одновременно необходим раздельный учёт (ст. 170, п. 4). Правила раздельного учёта — отдельный участок работы, который требует настройки ещё до начала налогового периода.

Спецставки 5% и 7%: когда они актуальны для медицины

Если клиника на УСН превысила порог 20 млн рублей и при этом имеет выручку, облагаемую НДС (например, немедицинские услуги, продажа товаров), она вправе выбрать спецставку: 5% (пп. 1 п. 8 ст. 164 НК РФ, 176-ФЗ) или 7% (пп. 2 п. 8 ст. 164 НК РФ, 176-ФЗ).

Ставка 5% применяется при доходе до 272,5 млн рублей в год (с учётом дефлятора 1,090 на 2026 год, приказ МЭР от 06.11.2025 № 734). Ставка 7% — при доходе до 490,5 млн рублей. Обе ставки не дают права на налоговые вычеты входящего НДС (п. 8 ст. 164 НК РФ): клиника платит НДС с реализации, но не может вычесть НДС от поставщиков. При стандартной ставке 22% (п. 3 ст. 164 НК РФ, 425-ФЗ от 28.11.2025) вычеты доступны в полном объёме по ст. 171–172 НК РФ.

Для чистой медицинской клиники, у которой практически вся выручка освобождена по ст. 149, выбор между спецставками и стандартной ставкой теряет остроту: облагаемой базы просто нет или она минимальна. Но если клиника совмещает медицинскую деятельность с продажей оптики, косметологическими процедурами без медицинской лицензии, арендой — расчёт становится принципиальным.

Ключевое ограничение спецставок: выбрав 5% или 7%, клиника фиксирует этот выбор на 12 последовательных кварталов (п. 9 ст. 164 НК РФ, 176-ФЗ). Поменять ставку досрочно нельзя. Для впервые применяющих с 01.01.2026: окно для однократного отказа от спецставки — 4 налоговых периода (абз. 2 п. 9 ст. 164 НК РФ, 425-ФЗ). Это единственный момент, когда можно переиграть выбор — важно не пропустить его.

Матрица сценариев: медицинская клиника на УСН в 2026 году

Вычеты НДС: когда они реально доступны медицинской организации на УСН

Вычеты НДС в полном объёме — инструмент для тех, кто платит НДС по стандартной ставке 22% (п. 3 ст. 164 НК РФ, 425-ФЗ от 28.11.2025) и ведёт облагаемую деятельность. Условия вычета по ст. 171–172 НК РФ стандартны: товар (работа, услуга) принят к учёту, есть надлежащий счёт-фактура от поставщика, операция связана с облагаемой деятельностью.

Для медицинской клиники на УСН со стандартной ставкой 22% это означает: входящий НДС с закупки оборудования, расходных материалов, IT-услуг, ремонтных работ и прочего — принимается к вычету в доле, приходящейся на облагаемую выручку. Если вся выручка освобождена по ст. 149 — вычета нет совсем. Если часть выручки облагается — вычет пропорционален этой доле (раздельный учёт, ст. 170 НК РФ, п. 4).

Практический вывод: вычеты НДС реально работают для медицинской организации на УСН только при двух одновременных условиях — выбрана ставка 22% (а не 5% или 7%) и есть облагаемая НДС выручка. Для большинства небольших клиник, чья деятельность охвачена ст. 149, вычеты — не приоритет. Для крупных клиник с диверсифицированной деятельностью — это реальный инструмент оптимизации.

Отдельная ситуация — переходный период. Если до 2025 года клиника работала на УСН и не являлась плательщиком НДС, а затем начала платить НДС, возникает вопрос: можно ли принять к вычету НДС по остаткам товаров, оборудованию и незавершённым вложениям, приобретённым до перехода? Ответ требует анализа конкретных обстоятельств и даты принятия к учёту. Правила переходного периода описаны в специальных нормах 176-ФЗ и разъяснениях ФНС — их нужно сверять с актуальными позициями на дату перехода [VERIFY по конкретной ситуации].

Чек-лист: что подготовить медицинской клинике на УСН в 2026 году

• Рассчитать совокупный доход за предыдущий год и сравнить с порогом 20 млн рублей (п. 1 ст. 145 НК РФ в ред. 425-ФЗ от 28.11.2025) — ИП дополнительно исключают проценты по вкладам (104-ФЗ от 25.04.2026).
• Проверить наличие лицензии на медицинскую деятельность и убедиться, что реализуемые услуги входят в перечень ст. 149 НК РФ — это основа для освобождения от НДС по отраслевой льготе.
• Выделить из выручки немедицинскую составляющую (оптика, косметология без лицензии, аренда, товарная розница) — именно она может создавать НДС-обязательство.
• Выбрать режим: освобождение по ст. 145, спецставка 5% или 7%, стандартная ставка 22% — и понять последствия для вычетов входящего НДС по каждому варианту.
• Настроить раздельный учёт по ст. 170 НК РФ, если есть и облагаемые, и необлагаемые операции — до начала налогового периода, а не постфактум.

Как уведомить об освобождении и что будет, если пропустить срок

Освобождение по ст. 145 НК РФ носит уведомительный характер. Клиника подаёт уведомление в налоговый орган до начала месяца, с которого планирует применять освобождение. Форму уведомления и конкретный срок подачи уточните по действующей редакции приказа ФНС — [VERIFY]. Документы, подтверждающие право на освобождение (выписка из книги доходов и расходов или иные — [VERIFY] по текущим требованиям), прикладываются к уведомлению.

Если клиника пропустила срок подачи уведомления, но фактически имела право на освобождение, суды в большинстве случаев рассматривают нарушение срока уведомительного характера как устранимое и сохраняют право на освобождение. Это устоявшаяся позиция судебной практики, хотя налоговый орган в первой инстанции нередко отказывает. Важно: если клиника применяла освобождение без уведомления и налоговый орган обнаружит это при проверке — нужна позиция для защиты.

Ещё один момент: освобождение по ст. 145 применяется последовательно не менее 12 месяцев. Отказаться от него досрочно нельзя — только если в течение этого периода выручка превысит допустимый порог, право на освобождение утрачивается с месяца превышения. Нужно отслеживать выручку ежемесячно.

Счёт-фактура на УСН в медицине: когда обязателен, когда нет

Требования к счёту-фактуре определяются режимом, который применяет клиника. Три варианта:

Первый — освобождение по ст. 145 НК РФ. Счёт-фактура либо не выставляется, либо выставляется с пометкой «Без НДС» (ст. 168 НК РФ). Журнал учёта счетов-фактур и книга продаж могут не вестись (если нет налогооблагаемых операций).

Второй — операции, освобождённые по ст. 149 НК РФ. Счёт-фактура по необлагаемым операциям не обязателен — клиника вправе его не выставлять (пп. 1 п. 3 ст. 169 НК РФ). Если покупатель (например, корпоративный клиент) просит счёт-фактуру — его выставляют с отметкой «Без НДС». НДС в таком счёте-фактуре не выделяется.

Третий — клиника платит НДС по ставке 5%, 7% или 22%. Счёт-фактура обязателен в общем порядке (ст. 169 НК РФ): с указанием ставки НДС, суммы налога, реквизитов сторон. Дефект в счёте-фактуре лишает покупателя права на вычет. При работе с корпоративными клиентами (страховые компании по ДМС, организации) правильное оформление счетов-фактур — это и репутационный, и налоговый вопрос.

Опубликовано: 19 мая 2026

Материал носит информационный характер и не является юридической консультацией. Нормы НК РФ применяются с учётом конкретных обстоятельств. Для анализа вашей ситуации обратитесь к специалисту.