Выбор ставки НДС на УСН: медицина

11 мая 2026

«Меня это не касается, я на упрощёнке» — почему эта логика опасна в 2026 году

Это самое распространённое заблуждение медицинских предпринимателей в 2026 году. До реформы связка «УСН = нет НДС» работала по умолчанию. С 2025 года она сломана: 176-ФЗ от 12.07.2024 признал все организации и ИП на УСН плательщиками НДС. Единственный способ не платить — либо укладываться в освобождение по ст. 145 НК РФ (доход за предыдущий год не превысил 20 млн рублей, п. 1 ст. 145, порог подтверждён 425-ФЗ от 28.11.2025), либо применять льготу по ст. 149 НК РФ для конкретных операций.

Если ваш доход за 2025 год превысил 20 млн рублей, вы автоматически становитесь плательщиком НДС с первого квартала 2026 года. Не платить НДС и молчать — значит накапливать недоимку. Штраф за неуплату: 20% от суммы по п. 1 ст. 122 НК РФ, при доказанном умысле — 40% по п. 3 ст. 122. Плюс пени. При этом декларацию НДС нужно подавать в электронном виде до 25-го числа после каждого квартала (п. 5 ст. 174 НК РФ), уплата — тремя равными частями до 28-го числа каждого из трёх месяцев следующего квартала (п. 1 ст. 174 НК РФ).

Для медицины дополнительный уровень сложности — смешанная выручка. Клиника может одновременно вести лицензированную медицинскую деятельность (льгота ст. 149), продавать сопутствующие товары или косметологические услуги без медицинской лицензии (облагаются НДС), сдавать площади в аренду (облагается). Каждая позиция требует отдельного анализа, а не общего ответа «мы в медицине, нас не касается».

Что освобождено по ст. 149 НК РФ: медицинский периметр

Статья 149 НК РФ — главный инструмент медицинских организаций на УСН. Она освобождает от НДС операции по оказанию медицинских услуг, перечисленных в пп. 2 п. 2 ст. 149: услуги по диагностике, профилактике и лечению в рамках лицензированной медицинской деятельности, услуги скорой помощи, патологоанатомические услуги и ряд других. Ключевое условие — наличие лицензии на медицинскую деятельность.

Важный нюанс: льгота по ст. 149 не зависит от системы налогообложения. Клиника на УСН с лицензией применяет её так же, как клиника на ОСНО. Реформа 176-ФЗ / 425-ФЗ эту льготу не отменила и не ограничила. Иными словами, если 100% вашей выручки — лицензированные медицинские услуги по пп. 2 п. 2 ст. 149, вы не платите НДС с этих операций, даже если превысили порог 20 млн рублей. Статус плательщика НДС есть, но налог к уплате равен нулю — при условии корректного ведения учёта и подачи декларации.

Что не попадает под льготу ст. 149 и облагается НДС:

• Косметологические процедуры без медицинских показаний (инъекции красоты, эстетическая косметология без лицензионного покрытия).
• Реализация медикаментов и изделий медицинского назначения в розницу, если это самостоятельный вид деятельности, — применяется ставка 10% по п. 2 ст. 164 НК РФ.
• Аренда помещений, техники, платные парковки на территории клиники.
• Продажа немедицинских товаров (питание, сувениры, медицинская одежда для пациентов).
• Медицинские услуги, оказываемые без лицензии или с нарушением лицензионных условий.

Практический вывод: если у клиники смешанная выручка — нужен раздельный учёт по ст. 170 НК РФ. Без него налоговый орган вправе распределить входной НДС пропорционально, что невыгодно для операций, не облагаемых НДС. Ошибки в раздельном учёте — стандартное основание для доначислений при камеральной проверке.

Три варианта ставки НДС для медицинской организации на УСН: сравнение

Если у клиники на УСН есть операции вне льготы ст. 149 НК РФ и доход за предыдущий год превысил 20 млн рублей, нужно выбрать ставку для облагаемых операций. Доступны три варианта.

Вариант 1. Пониженная ставка 5% (пп. 1 п. 8 ст. 164 НК РФ, 176-ФЗ). Применяется, если доход за год не превысил лимит 272,5 млн рублей (с учётом дефлятора 1,090 на 2026 год). Расчётная ставка — 5/105. Вычеты входного НДС не применяются — ст. 170–172 НК РФ в этом случае не работают. Входной НДС от поставщиков включается в стоимость товаров или в расходы.

Вариант 2. Пониженная ставка 7% (пп. 2 п. 8 ст. 164 НК РФ, 176-ФЗ). Применяется при доходе от 272,5 млн до 490,5 млн рублей (лимит для ставки 7% на 2026 год, с дефлятором 1,090). Расчётная ставка — 7/107. Аналогично: вычеты недоступны, входной НДС включается в стоимость или расходы.

Вариант 3. Стандартная ставка 22% (п. 3 ст. 164 НК РФ, 425-ФЗ от 28.11.2025). Расчётная ставка — 22/122. Вычеты входного НДС применяются в полном объёме по ст. 171–172 НК РФ. Выгодна при высокой доле входного НДС от поставщиков (дорогостоящее оборудование, расходные материалы с НДС). Не ограничена по лимиту дохода. При доходе свыше 490,5 млн рублей — единственный вариант.

Для медицинских клиник выбор нетривиален. Облагаемые операции, как правило, составляют небольшую долю выручки — косметология, аренда, продажа немедицинских товаров. При малой доле облагаемых операций и незначительном входном НДС от поставщиков по этим операциям ставка 5% или 7% снижает налоговую нагрузку. Но если клиника закупает оборудование с НДС по счетам-фактурам и планирует использовать его в облагаемой деятельности — ставка 22% с вычетами может оказаться выгоднее.

Матрица сценариев: ваша ситуация и правильное решение

Пошаговый алгоритм выбора ставки для медицинской клиники на УСН

Шаг 1. Проверить доход за предыдущий год. Если доход за 2025 год не превысил 20 млн рублей — применяется освобождение по ст. 145 НК РФ автоматически. Дальнейшие шаги не нужны.

Шаг 2. Провести аудит видов деятельности. Разбить все направления выручки на три группы: (а) лицензированная медицина — льгота ст. 149 НК РФ; (б) облагаемые операции по основной или пониженной ставке; (в) смешанные или спорные операции. По спорным — запросить правовую оценку, поскольку налоговая квалификация операции влияет на весь расчёт.

Шаг 3. Рассчитать налоговую нагрузку по каждой ставке. Для ставок 5% и 7%: налог = доход от облагаемых операций × 5/105 или 7/107, вычеты отсутствуют. Для ставки 22%: налог = НДС с реализации − входной НДС по облагаемым операциям. Если входной НДС по облагаемым операциям значителен (закупка оборудования, расходных материалов, аренда с НДС) — ставка 22% с вычетами может быть выгоднее.

Шаг 4. Учесть срок фиксации. Пониженная ставка фиксируется на 12 последовательных кварталов (п. 9 ст. 164 НК РФ) — это 3 года. Для впервые переходящих действует окно отказа в 4 налоговых периода (425-ФЗ от 28.11.2025). Ошибиться с выбором — значит переплачивать три года или, напротив, терять право на вычеты.

Шаг 5. Настроить раздельный учёт. Если есть и льготируемые, и облагаемые операции — обязателен раздельный учёт по ст. 170 НК РФ. Входной НДС по товарам (работам, услугам), используемым только в льготируемых операциях, к вычету не принимается и включается в стоимость. По операциям, используемым в обоих видах деятельности — распределяется пропорционально.

Шаг 6. Обеспечить корректную выставку счетов-фактур. По облагаемым операциям (даже при ставке 5% или 7%) счёт-фактура обязателен (ст. 169 НК РФ). По льготируемым операциям ст. 149 НК РФ — счёт-фактура с пометкой «Без НДС» или без счёта-фактуры с согласия покупателя (п. 5 ст. 168 НК РФ). Порядок ведения книги покупок и книги продаж — по общим правилам.

• Рассчитан доход за 2025 год — превышение порога 20 млн рублей подтверждено или опровергнуто.
• Все виды деятельности разбиты: льготируемые по ст. 149 / облагаемые / спорные.
• Для облагаемых операций выбрана ставка (5%, 7% или 22%) с расчётом нагрузки по каждому варианту.
• Настроен раздельный учёт входного НДС по ст. 170 НК РФ, если есть оба вида операций.
• Все лицензии на медицинскую деятельность актуальны и покрывают фактически оказываемые услуги.

Что проверяет налоговый орган у медицинских клиник на УСН в 2026 году

Переход упрощенцев на НДС создал новый периметр камеральных проверок. Для медицинских организаций ФНС обращает внимание на следующие точки риска.

Соответствие лицензии и фактических услуг. Если клиника декларирует льготу по ст. 149, но фактически оказывает услуги, не охваченные лицензией (или лицензия истекла, или услуга выведена за рамки лицензионного перечня) — льгота снимается. Все доходы по таким операциям становятся облагаемыми, возникает недоимка, штраф 20% (п. 1 ст. 122 НК РФ) и пени.

Раздельный учёт при смешанных операциях. Налоговый орган вправе запросить методику раздельного учёта, первичные документы, регистры распределения входного НДС. При их отсутствии инспектор применит «пропорциональный» метод, который, как правило, невыгоден для налогоплательщика: больший объём входного НДС относится на льготируемые (необлагаемые) операции, вычет уменьшается, либо налоговая база по облагаемым операциям увеличивается.

Правильность выставки счетов-фактур. По облагаемым операциям счёт-фактура обязателен. По льготируемым — если счёт-фактура выставлен с выделенным НДС, клиника обязана уплатить указанный НДС в бюджет (п. 5 ст. 173 НК РФ), даже несмотря на льготу ст. 149. Это частая ошибка: выставили счёт-фактуру по привычке с НДС — получили обязательство к уплате.

Соответствие декларации и оборотов по расчётным счетам. АСК НДС-2 сопоставляет данные декларации НДС с информацией из книги продаж и данными банков. Расхождения — повод для требования пояснений по ст. 88 НК РФ. Для медицинских клиник с большой долей наличных расчётов (физические лица) важно корректное отражение розничной выручки.

Снимаем возражение: «Я на УСН и льготе ст. 149 — НДС точно не касается»

Особые ситуации: ИП-врач, стоматология, общепит при клинике

ИП-врач на УСН. Те же правила: 176-ФЗ распространяется на ИП. Льгота ст. 149 применяется при наличии лицензии (для отдельных видов деятельности ИП-врачи получают лицензию в общем порядке). Если ИП оказывает только лицензированные медицинские услуги и доход за 2025 год не превысил 20 млн рублей — освобождение по ст. 145, НДС ноль. Дополнительно: 104-ФЗ от 25.04.2026 установил, что проценты по банковским вкладам не учитываются при расчёте порога 20 млн рублей для ИП с доходом не более 60 млн рублей за 2025 год. Это существенно для ИП-врачей, которые держат накопления на депозитах.

Стоматологические клиники. Стоматологические услуги — стандартно льготируемые по ст. 149 НК РФ при наличии лицензии. Но: продажа ортопедических изделий, зубных протезов отдельно — льгота по пп. 1 п. 2 ст. 149 (изделия медицинского назначения, включённые в перечень). Реализация сопутствующих товаров (зубные пасты, щётки в розницу) — облагается НДС по общей ставке. Аренда кресла коллеге-стоматологу (субаренда) — облагается НДС. Важно разграничить операции заранее.

Кафе или столовая при клинике. Отдельный вид деятельности, не защищённый льготой ст. 149. Освобождение общепита по ст. 149 НК РФ (продлено 104-ФЗ от 25.04.2026 для организаций общественного питания с соблюдением условий) применяется при соответствии специальным критериям, которые нужно проверять отдельно применительно к вашей ситуации.

Материал носит информационный характер и не является юридической консультацией. Для оценки конкретной ситуации обратитесь к специалисту.