Восстановление НДС при переходе: медицина

24 мая 2026  ·  Виктор Аршинов, эксперт по НДС

Почему упрощенцы в медицине всё равно должны разбираться в НДС

Главное возражение, которое мы слышим от руководителей медицинских клиник на УСН: «меня это не касается, я на упрощёнке». Это была правда до 2025 года. С 1 января 2025 года все упрощенцы признаны плательщиками НДС — на основании 176-ФЗ от 12.07.2024. Ставка 22% с 1 января 2026 года введена 425-ФЗ от 28.11.2025 (п. 3 ст. 164 НК РФ).

Это не значит, что с завтрашнего дня клиника платит 22% со всей выручки. Большинство медицинских услуг — амбулаторный приём, диагностика, стационарное лечение по Перечню Правительства РФ — освобождены от НДС по ст. 149 НК РФ. Но освобождение по ст. 149 не освобождает от статуса плательщика НДС. Это значит:

• Нужно вести раздельный учёт, если есть хоть одна облагаемая операция (ст. 170 НК РФ).
• Если доход превысил 20 млн рублей, нужно подать уведомление или выбрать ставку — иначе ФНС доначислит НДС по умолчанию с применением расчётной ставки.
• Нарушение порядка восстановления НДС при переходе с режима, при котором вычеты не применялись, грозит штрафом 20% (п. 1 ст. 122 НК РФ).

Разберём каждый шаг — конкретно, со ссылками на нормы.

Шаг 1. Определить статус: плательщик НДС или освобождение по ст. 145

Первый вопрос — нужно ли вообще платить НДС, или можно применить освобождение.

Порог освобождения с 01.01.2026 — 20 млн рублей дохода за предыдущий год (п. 1 ст. 145 НК РФ в редакции 176-ФЗ и 425-ФЗ). Если доход клиники за 2025 год не превысил 20 млн рублей — она вправе подать уведомление об освобождении от НДС. В этом случае налог не начисляется, декларация не сдаётся, счета-фактуры с выделенным НДС не выставляются.

Однако для медицинской организации, чья выручка практически полностью состоит из льготных услуг по ст. 149, освобождение по ст. 145 зачастую избыточно. Льгота ст. 149 действует независимо от режима налогообложения и от порога дохода. Иными словами, даже если клиника с доходом 100 млн рублей является плательщиком НДС, медицинские услуги по Перечню всё равно не облагаются.

Когда освобождение по ст. 145 действительно нужно: если клиника ведёт деятельность, которая не покрывается льготой ст. 149 — например, продаёт медицинские изделия, оказывает косметологические услуги без медицинской лицензии, сдаёт в аренду оборудование или помещения. По таким операциям НДС начисляется, и если их доля значима — освобождение по ст. 145 может быть выгодным инструментом.

Шаг 2. Разобраться с льготой по ст. 149: что освобождено, а что нет

Статья 149 НК РФ освобождает от НДС медицинские услуги, включённые в Перечень, утверждённый Правительством РФ. Ключевое условие — наличие лицензии на медицинскую деятельность. Без лицензии льгота не применяется даже при фактическом оказании медицинских услуг.

Что, как правило, попадает под льготу ст. 149:

• Амбулаторно-поликлинические услуги (терапия, хирургия, педиатрия и пр.).
• Диагностические исследования (УЗИ, лабораторная диагностика, МРТ, КТ).
• Стационарное лечение.
• Скорая медицинская помощь.

Что льготой ст. 149 не покрывается — и при доходе свыше 20 млн будет облагаться НДС:

• Косметологические процедуры, не относящиеся к медицинским (например, ботулинотерапия в косметологических целях без соответствующей лицензии или вне медицинской организации).
• Реализация медицинских изделий, лекарственных средств — облагается НДС по ставке 10% (п. 2 ст. 164 НК РФ) или 0%, если речь об экспорте.
• Аренда помещений, оборудования — облагается по ставке 22% (п. 3 ст. 164 НК РФ, 425-ФЗ от 28.11.2025).
• Медицинские услуги, не включённые в Перечень Правительства РФ.

Практический вывод: прежде чем выбирать ставку НДС или подавать уведомление об освобождении, нужно провести ревизию всех видов деятельности и чётко разграничить льготные и нельготные операции. Ошибка в этом шаге — самая дорогостоящая.

Шаг 3. Выбрать ставку НДС для облагаемых операций

Если у клиники есть операции, облагаемые НДС (доход по ним превышает 20 млн рублей или клиника не претендует на освобождение по ст. 145), нужно выбрать ставку. Это выбор на срок — не разовое решение.

Доступные варианты для упрощенца (ст. 164 НК РФ, 176-ФЗ и 425-ФЗ):

Спецставка 5%

Расчётная ставка 5/105. Доход в 2026 году — до 272,5 млн рублей (лимит с учётом дефлятора 1,090, приказ МЭР от 06.11.2025 № 734). Вычеты входящего НДС не применяются. Выбирается на 12 последовательных кварталов (п. 9 ст. 164 НК РФ).

Спецставка 7%

Расчётная ставка 7/107. Доход — до 490,5 млн рублей (лимит 2026 с дефлятором). Вычеты также недоступны. Аналогичный период фиксации — 12 кварталов.

Основная ставка 22%

Расчётная ставка 22/122 (п. 3 ст. 164 НК РФ, 425-ФЗ от 28.11.2025). Право на вычеты входящего НДС — в полном объёме (ст. 171–172 НК РФ). Выгодна при значительных входящих закупках: медицинское оборудование, расходные материалы, коммунальные услуги.

Для большинства медицинских клиник на УСН с небольшим объёмом облагаемых операций выгоднее спецставка 5% или 7% — простота учёта и низкая налоговая нагрузка перевешивают отсутствие вычетов. Если же клиника приобретает дорогостоящее оборудование с НДС — ставка 22% с вычетами может оказаться экономичнее. Расчёт делается под конкретную структуру расходов.

Внимание: выбор спецставки фиксируется на 12 последовательных кварталов (п. 9 ст. 164 НК РФ). По 425-ФЗ от 28.11.2025 для впервые перешедших предусмотрено однократное окно отказа в 4 налоговых периода (абз. 2 п. 9 ст. 164 НК РФ). После использования этого окна изменить выбор до истечения 12 кварталов нельзя.

Шаг 4. Восстановление НДС — когда и по каким правилам

Восстановление НДС при переходе в медицине — это не только переход с УСН на ОСНО. Обязанность восстановить налог возникает в нескольких типичных ситуациях.

Ситуация 1: клиника начинала деятельность на ОСНО, принимала вычеты, затем перешла на УСН. При переходе на УСН НДС, ранее принятый к вычету по товарам, материалам, ОС и НМА, подлежит восстановлению (пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ). По основным средствам восстановление производится пропорционально остаточной стоимости. Восстановленный налог включается в расходы при исчислении налога на прибыль (или учитывается в расходах УСН «доходы минус расходы»).

Ситуация 2: клиника на ОСНО начинает вести необлагаемые операции (получает медицинскую лицензию). Входящий НДС по активам, которые будут использоваться исключительно в необлагаемой деятельности, восстанавливается в квартале начала использования (пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ). По активам смешанного использования — по доле необлагаемой выручки в рамках раздельного учёта (ст. 170 НК РФ).

Ситуация 3: упрощенец с 2025 года применяет спецставку (5% или 7%) и не имеет права на вычеты. При последующем переходе на ставку 22% (например, через 12 кварталов) или на ОСНО возникает вопрос: можно ли «поднять» вычеты по активам, приобретённым в периоде спецставки? Этот вопрос активно обсуждается в профессиональном сообществе; позиция ФНС и судебная практика в стадии формирования — рекомендуем уточнять по текущей редакции разъяснений [VERIFY].

Ситуация 4: клиника утратила право на льготу ст. 149 (отзыв лицензии, изменение видов деятельности). С момента утраты льготы операции становятся облагаемыми. Входящий НДС по активам, ранее отнесённым к необлагаемой деятельности, — к вычету принять нельзя (срок для вычета мог быть пропущен). Риск существенный: нужно проанализировать, можно ли восстановить вычеты в судебном порядке или путём подачи уточнённой декларации.

Шаг 5. Раздельный учёт: без него восстановление невозможно

Если медицинская организация ведёт одновременно облагаемые и необлагаемые операции, раздельный учёт — обязанность, а не опция (ст. 170 НК РФ). Без него:

• ФНС вправе отказать в вычетах по всем входящим счетам-фактурам.
• Восстановление НДС при переходе будет невозможно рассчитать корректно — и инспектор сделает это сам, как правило, не в пользу налогоплательщика.
• При камеральной проверке (ст. 88 НК РФ) ФНС запросит документы, подтверждающие ведение раздельного учёта. Их отсутствие — прямой повод для доначислений.

Как организовать раздельный учёт на практике:

• Закрепить методику раздельного учёта в учётной политике организации до начала соответствующего квартала — задним числом не действует.
• Открыть субсчета к счетам 19, 90, 91 для облагаемых и необлагаемых операций.
• Пропорцию распределения «общих» расходов определять исходя из доли облагаемой выручки в общей выручке за квартал (правило «пяти процентов» ст. 170 НК РФ применяется, но требует аккуратного расчёта в каждом квартале).
• Документировать распределение: внутренние бухгалтерские справки, расчёты пропорции — они понадобятся при камеральной проверке.

• Проверить доход за предыдущий год: если не более 20 млн рублей — рассмотреть освобождение по ст. 145 НК РФ.
• Провести ревизию видов деятельности: какие операции освобождены по ст. 149 НК РФ, какие — нет.
• Выбрать ставку НДС для нельготных операций (5%, 7% или 22%) и зафиксировать выбор до начала квартала.
• Организовать раздельный учёт и закрепить методику в учётной политике.
• Провести инвентаризацию активов для расчёта суммы восстанавливаемого НДС при смене режима.

Шаг 6. Сроки и документы

Переход порождает конкретные обязанности с конкретными сроками. Нарушение каждого из них — отдельный штрафной риск.

Уведомление об освобождении по ст. 145 НК РФ

Подаётся в налоговый орган не позднее 20-го числа месяца, с которого применяется освобождение. Форму и конкретный порядок уточните по текущему приказу ФНС [VERIFY].

Декларация НДС

Сдаётся не позднее 25-го числа после окончания квартала, исключительно в электронном виде (п. 5 ст. 174 НК РФ). Бумажная декларация не принимается и считается непредставленной.

Уплата НДС

Тремя равными частями — не позднее 28-го числа каждого из трёх месяцев следующего квартала (п. 1 ст. 174 НК РФ). Уплата единой суммой допускается, но не обязательна.

Восстановление НДС при переходе на УСН

Производится в последнем квартале применения ОСНО — до перехода (пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ). Восстановленный налог отражается в декларации за этот квартал.

Счета-фактуры по облагаемым операциям

Выставляются не позднее пяти календарных дней с момента отгрузки или получения аванса (ст. 168–169 НК РФ). По нельготным операциям клиники — обязательны при любой выбранной ставке НДС (кроме случая освобождения по ст. 145).

Как снимается возражение «я на упрощёнке — меня не касается»

Материал носит информационный характер и не является юридической консультацией. Нормы НК РФ применяются в действующей редакции; числовые параметры реформы НДС-2026 указаны по состоянию на дату публикации. Для оценки конкретной ситуации обратитесь за профессиональной консультацией.