Восстановление НДС при переходе: фармацевтика

22 мая 2026 — Виктор Аршинов, эксперт по НДС

Что значит «восстановить НДС» и когда это касается именно вас

Ключевое слово в запросе «восстановление НДС при переходе: фармацевтика» — не столько «фармацевтика», сколько «переход». Восстановление — это операция обратная вычету: вы когда-то приняли налог к вычету, а теперь должны его вернуть в бюджет. Обязанность восстанавливать НДС установлена ст. 170 НК РФ.

Переходная ситуация в 2025–2026 годах для упрощенцев принципиально нова. До 2025 года компании на УСН не были плательщиками НДС вообще и вычетов не применяли. С 1 января 2025 года 176-ФЗ от 12.07.2024 сделал упрощенцев плательщиками НДС — если доход превысил пороговое значение. С 1 января 2026 года порог освобождения закреплён на уровне 20 млн руб. дохода за предыдущий год (п. 1 ст. 145 НК РФ, 425-ФЗ от 28.11.2025).

Для фармацевтической компании на УСН переходная история выглядит так:

Сценарий 1. Вы работали на УСН, не были плательщиком НДС — вычетов не применяли. Входящий НДС от поставщиков лекарств, медизделий, упаковки включался в стоимость. Теперь вы стали плательщиком. Восстанавливать нечего — вычетов не было. Но возникает вопрос об остатках запасов и основных средств: можно ли принять к вычету НДС, уплаченный при их приобретении в период УСН? Это обратная задача — не восстановление, а первичный вычет по переходным остаткам. Её мы разберём ниже.

Сценарий 2. Вы применяли стандартный режим с вычетами (ОСНО или спецставку с вычетами), а затем перешли на освобождение по ст. 145 НК РФ или на спецставки 5%/7% без права на вычет. Вот здесь обязанность восстановить НДС возникает в полном объёме — по тем товарам, материалам и ОС, по которым вы принимали вычет, но они ещё не использованы в облагаемой деятельности.

Фармацевтика: отраслевая специфика, которая меняет расчёт

Фармацевтический бизнес на УСН — это прежде всего аптеки, небольшие дистрибьюторы и производители дженериков. Их объединяет структура товарооборота: лекарственные препараты, внесённые в государственный реестр, и медицинские изделия облагаются НДС по ставке 10% (п. 2 ст. 164 НК РФ). Это не льгота в смысле ст. 149 НК РФ — это пониженная ставка. Реализация облагается, и входящий НДС принимается к вычету в общем порядке.

Отдельно существует освобождение по пп. 24 п. 2 ст. 149 НК РФ — для реализации медицинских изделий по Перечню, утверждённому Правительством РФ. Это уже настоящая льгота: реализация не облагается, но и входящий НДС к вычету не принимается — он включается в стоимость. Именно здесь возникает необходимость вести раздельный учёт (ст. 170 НК РФ): операции, облагаемые по 10%, и операции, освобождённые по ст. 149.

Что это означает на переходе:

• Если компания применяла вычеты по товарам из Перечня ст. 149 (ошибочно или в период, когда освобождение не применялось) — при начале применения льготы этот налог нужно восстановить по пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ.
• Если компания имеет смешанный ассортимент (часть — облагаемая по 10%, часть — освобождённая по ст. 149), нарушение раздельного учёта лишает права на вычет по всем товарам («правило 5%» из п. 4 ст. 170 НК РФ не спасёт, если доля необлагаемых операций значительна).
• Остатки на складе, принятые к учёту в одном периоде и реализуемые в другом, требуют специального расчёта — особенно по ОС с остаточной стоимостью.

Как считать восстанавливаемый НДС: пошагово для фармацевтики

Расчёт восстанавливаемого налога зависит от того, что именно вы восстанавливаете. Базовые правила — ст. 170 НК РФ, конкретные случаи — пп. 1–4 п. 3 той же статьи.

Шаг 1. Инвентаризация переходных остатков. На дату перехода (1-е число первого квартала, когда возникает обязанность) составьте реестр:

• товары на складе, по которым НДС принят к вычету,
• сырьё и материалы (субстанции, упаковка, вспомогательные компоненты),
• основные средства (оборудование, аптечные стойки, холодильники),
• нематериальные активы.

Шаг 2. Классификация по направлению использования. По каждой позиции определите: будет ли она использована в облагаемых или необлагаемых операциях? Если компания работает только с препаратами по ставке 10% — все остатки идут в облагаемую деятельность, восстановление не требуется. Если часть ассортимента — льготная по ст. 149 — нужна пропорция.

Шаг 3. Расчёт суммы восстановления.

• По товарам, материалам — восстановить полную сумму НДС, принятую к вычету (пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ).
• По основным средствам и НМА — восстановить пропорционально остаточной (балансовой) стоимости на дату перехода. Формула: НДС_восстановл. = НДС_принятый_к_вычету × (Остаточная стоимость / Первоначальная стоимость).
• По объектам, амортизация которых завершена — восстанавливать нечего (остаточная стоимость = 0).

Шаг 4. Отражение в декларации и в учёте. Восстановленный НДС отражается в декларации за тот налоговый период (квартал), в котором возникло основание для восстановления. В бухгалтерском учёте — Дт 19 / Кт 68 (сторно вычета) или Дт 91/стоимость товара. Восстановленная сумма в расходы по налогу на прибыль не включается — это не расход, это возврат в бюджет.

Шаг 5. Счета-фактуры и книга продаж. Восстановленный НДС регистрируется в книге продаж на основании ранее выданных счетов-фактур (или их копий). Для фармацевтики с большим количеством номенклатурных позиций это технически объёмная задача — лучше делать её не вручную.

• Инвентаризация остатков на дату перехода: товары, материалы, ОС — с суммами принятого к вычету НДС.
• Классификация каждой позиции: облагаемая 10%, облагаемая 22% или льготная по ст. 149 НК РФ.
• Расчёт восстанавливаемой суммы: по товарам — полная, по ОС — пропорция к остаточной стоимости.
• Регистрация восстановленного НДС в книге продаж и декларации за период перехода.
• Закрепление методики раздельного учёта в учётной политике до первой декларации.

Что проверяет инспекция: взгляд с той стороны

Камеральная проверка декларации НДС в переходный период проходит по стандартному алгоритму АСК НДС-2. Для фармацевтической компании, впервые подающей декларацию, инспекция обратит внимание на несколько точек.

Расхождения с контрагентами. Если поставщик лекарственных препаратов отразил НДС в своей декларации, а вы не показали входящий налог в книге покупок — возникнет «разрыв» в АСК НДС. Это автоматический триггер требования по ст. 88 НК РФ. Требование придёт быстро — ответить нужно в установленный срок [VERIFY: срок ответа на требование по камеральной проверке — уточните по актуальной редакции].

Полнота восстановления при смене режима. Инспектор сверит: были ли вычеты до перехода? Восстановлен ли налог по остаткам? Особое внимание — к ОС: если аптека списала оборудование на вычет, а в декларации нет восстановления — будет запрос на пояснения с анализом остаточной стоимости.

Раздельный учёт. При смешанном ассортименте инспекция проверит: ведёте ли вы раздельный учёт между операциями по ставке 10% и освобождёнными по ст. 149 НК РФ? Если нет — вычеты снимаются полностью по «правилу пропорции» (п. 4 ст. 170 НК РФ). Доначисление плюс штраф 20% за неуплату (п. 1 ст. 122 НК РФ). При установлении умысла штраф возрастает до 40% (п. 3 ст. 122 НК РФ).

Счета-фактуры от поставщиков. Вычет по ст. 172 НК РФ применяется только при наличии правильно оформленного счёта-фактуры. Для фармацевтики с многотысячной номенклатурой типичная проблема — неверное указание наименования товара или ставки НДС в счёте-фактуре. Такой документ не даёт права на вычет — нужно требовать исправление у поставщика.

Почему «меня это не касается, я на упрощёнке» — уже не аргумент

Выбор ставки НДС: что считать фармацевтической компании

Один из ключевых решений переходного периода — выбор ставки. Для фармацевтической компании с доходом от 20 до 272,5 млн руб. доступны три варианта.

Вариант 1: спецставка 5% (пп. 1 п. 8 ст. 164 НК РФ, доход до 272,5 млн руб. с учётом дефлятора 1,090 на 2026 год). Вычеты входящего НДС не применяются. Весь налог, уплаченный поставщикам, — в стоимость товара. Для аптеки с низкой маржой и крупными закупками у производителей это может означать рост себестоимости на 8–10% к прежней базе.

Вариант 2: спецставка 7% (пп. 2 п. 8 ст. 164 НК РФ, доход от 272,5 до 490,5 млн руб.). Та же логика: без вычетов, налог в стоимости. Актуальна при более высоком обороте — но та же проблема для фармацевтики.

Вариант 3: стандартный режим — ставка 10% по основному ассортименту лекарств и медизделий (п. 2 ст. 164 НК РФ), ставка 22% по прочей реализации (п. 3 ст. 164 НК РФ, 425-ФЗ от 28.11.2025). Вычеты входящего НДС применяются в полном объёме по ст. 172 НК РФ. При крупных закупках у производителей, платящих НДС по 10%, итоговая нагрузка может оказаться ниже, чем при спецставке 5%.

Практическое правило: если доля входящего НДС в цене закупки значительна (а в фармацевтике она такова — производители и импортёры работают на ОСНО), стандартный режим нередко выгоднее. Точный ответ даёт только финансовая модель на реальных цифрах вашего бизнеса.

Критически важно: после выбора спецставки и начала её применения отказаться можно только через 12 последовательных кварталов (п. 9 ст. 164 НК РФ). Для впервые перешедших с 1 января 2026 года предусмотрено однократное окно отказа — в течение 4 налоговых периодов (абз. 2 п. 9 ст. 164 НК РФ, 425-ФЗ). Это единственный шанс скорректировать выбор без ожидания трёх лет.

Вычеты по переходным остаткам: обратная задача

Компания, которая работала на УСН без НДС и только теперь становится плательщиком, сталкивается с зеркальной проблемой: можно ли принять к вычету НДС, уплаченный в период УСН по товарам, сырью и ОС, которые ещё не использованы?

Ответ неоднозначен и зависит от нормы. Общее правило ст. 172 НК РФ: вычет возможен при соблюдении трёх условий — товар принят к учёту, есть счёт-фактура, товар предназначен для облагаемых операций. При переходе с УСН последнее условие выполняется — но вот с первым и вторым могут быть трудности. В период УСН поставщики нередко выставляли документы без НДС или с НДС, но без соответствующего счёта-фактуры.

Если счета-фактуры есть и товары ещё числятся на остатках — вычет по ним возможен. Если счетов-фактур нет — нет вычета, НДС остаётся в стоимости. Для ОС: вычет по объекту, принятому на учёт в период УСН, применяется к не амортизированной (не использованной) части — если объект используется в облагаемой деятельности. Суды при оценке обоснованности такого вычета проверяют реальность использования объекта в облагаемой деятельности, наличие и правильность счёта-фактуры, своевременность принятия к учёту.

Материал носит информационный характер и не является юридической консультацией. Для оценки вашей конкретной ситуации обратитесь к специалисту.