Счета-фактуры на УСН: медицина

21 мая 2026  —  Виктор Аршинов, эксперт по НДС

Почему «я на упрощёнке» больше не освобождает от НДС

Принципиальное изменение внёс 176-ФЗ от 12.07.2024: начиная с 2025 года упрощенцы стали плательщиками НДС по умолчанию. Раньше УСН автоматически освобождала от этого налога — теперь нет. Статус «плательщик НДС» присваивается каждому, кто применяет упрощённую систему налогообложения, вне зависимости от вида деятельности.

Для медицинских организаций это означает следующее: сам факт применения УСН не освобождает вас от НДС. Освобождение теперь нужно либо получить отдельно по ст. 145 НК РФ (доход за предыдущий год — не более 20 млн рублей, п. 1 ст. 145 в редакции 425-ФЗ от 28.11.2025), либо опираться на льготы по ст. 149 НК РФ применительно к конкретным операциям.

С 1 января 2026 года дополнительно действует ставка 22% — она стала основной по п. 3 ст. 164 НК РФ (425-ФЗ от 28.11.2025). Расчётная ставка — 22/122. Льготная ставка 10% и нулевая 0% сохранены. Для упрощенцев предусмотрены спецставки 5% (пп. 1 п. 8 ст. 164) и 7% (пп. 2 п. 8 ст. 164), введённые 176-ФЗ.

Медицинские льготы по ст. 149 НК РФ: что по-прежнему не облагается НДС

Ключевое для медицины: пп. 2 п. 2 ст. 149 НК РФ освобождает от НДС медицинские услуги, оказываемые медицинскими организациями и индивидуальными предпринимателями, осуществляющими медицинскую деятельность. Перечень услуг утверждён Правительством РФ. Льгота применяется вне зависимости от системы налогообложения — и для ОСНО, и для УСН.

Что важно для упрощенца в медицине в 2026 году:

• Медицинские услуги из утверждённого перечня — освобождены от НДС по ст. 149, а не по ст. 145. Это два разных правовых основания с разными последствиями для счетов-фактур.
• Косметические услуги, не признаваемые медицинскими, а также реализация сопутствующих товаров (БАД, очки, ортопедические изделия без медицинской классификации) — под льготу ст. 149 не подпадают.
• Аренда оборудования, лабораторные исследования, выполняемые для сторонних клиентов вне рамок медицинской деятельности, — отдельный разговор: льгота работает только при наличии соответствующей лицензии и в отношении перечисленных видов деятельности.
• Продление освобождения для общепита (104-ФЗ от 25.04.2026) медицину напрямую не касается, но важен прецедент: отраслевые льготы продлеваются и уточняются — нужно отслеживать актуальную редакцию перечня Правительства.

Практический итог: медицинская организация на УСН, как правило, работает в режиме «льготируемые операции + необлагаемые по ст. 145 (если доход ≤ 20 млн)» или «льготируемые по ст. 149 + спецставка 5%/7% на остальное». Однородной картины нет — нужен раздельный учёт.

Счёт-фактура на УСН в медицине: три режима и три разных обязанности

Режим счёта-фактуры зависит от того, на каком основании операция освобождена от НДС или облагается по пониженной ставке. Разберём три типовых ситуации для медицинской организации на УСН.

Итого: у одной и той же медицинской организации на УСН могут одновременно действовать все три режима — по разным позициям. Раздельный учёт обязателен по ст. 170 НК РФ. Без него инспектор вправе пересчитать вычеты и доначислить НДС по общей ставке 22% на весь оборот.

Как выбрать ставку: экономика для медицинской организации на УСН

Для большинства медицинских организаций на УСН вопрос выбора ставки возникает только применительно к необлагаемым по ст. 149 операциям. Если вся выручка — льготируемые медицинские услуги, вопрос выбора ставки снимается: НДС с этих операций не исчисляется в принципе. Однако на практике почти всегда есть «серая зона»: продажа сопутствующих товаров, аренда площадей, лабораторные услуги для юридических лиц вне медицинской деятельности.

Для этих операций выбор строится так:

• Освобождение по ст. 145 — подходит, если суммарный доход за прошлый год не превысил 20 млн рублей (п. 1 ст. 145 НК РФ в редакции 425-ФЗ). Это жёсткий порог: превысили — теряете право на освобождение, причём ретроактивно с начала квартала нарушения.
• Спецставка 5% — выгодна, когда входящий НДС от поставщиков незначителен (поставщики тоже на УСН или освобождены). При доходе до 272,5 млн рублей — доступна по п. 8 ст. 164 НК РФ с учётом дефлятора 1,090 (приказ МЭР от 06.11.2025 N 734).
• Спецставка 7% — аналогично, при доходе от 272,5 до 490,5 млн рублей.
• Общая ставка 22% — единственный вариант с правом на вычеты. Выгодна, если входящий НДС от поставщиков существенен: дорогостоящее оборудование с НДС, медикаменты по ставке 10%, расходные материалы. Расчётная ставка 22/122 по п. 3 ст. 164 НК РФ.

Критически важный момент: выбор спецставки — это обязательство на 12 последовательных кварталов (п. 9 ст. 164 НК РФ). Поменять её раньше не получится. При впервые состоявшемся переходе есть окно отказа — 4 налоговых периода (абз. 2 п. 9 ст. 164 НК РФ, 425-ФЗ от 28.11.2025). Этим окном можно воспользоваться однократно.

Раздельный учёт: обязанность, а не опция

Медицина на УСН — это, как правило, смешанная корзина операций: одни льготируются по ст. 149, другие облагаются НДС. Ст. 170 НК РФ обязывает вести раздельный учёт входящего НДС по облагаемым и необлагаемым операциям. Если раздельного учёта нет — вся сумма входящего НДС не подлежит вычету и в расходы для целей налога на прибыль (или налоговой базы по УСН) не включается.

Как это работает на практике:

• Каждый входящий счёт-фактура кодируется по виду операции: облагаемая или необлагаемая.
• Входящий НДС по материалам, используемым в льготируемой медицинской деятельности, — к вычету не принимается (включается в стоимость).
• Входящий НДС по материалам, используемым в облагаемой деятельности (при ставке 22%), — принимается к вычету по ст. 171–172 НК РФ.
• По материалам двойного назначения применяется пропорция: доля облагаемых операций в общем обороте за квартал (метод «5%» — если доля необлагаемых операций не превышает [VERIFY], раздельный учёт по ст. 170 можно не вести, уточните по действующей редакции).

Для медицинских организаций на УСН со спецставками 5% или 7% ситуация проще в одном: вычеты всё равно не применяются, поэтому вопрос раздельного учёта входящего НДС менее болезненен. Но выходящие счета-фактуры всё равно надо разделять: по операциям «без НДС» (ст. 149) и «5%» или «7%».

Пошаговый порядок: что сделать медицинской организации на УСН прямо сейчас

Переход не разовая акция, а системная перестройка. Вот конкретная последовательность шагов.

• Шаг 1. Проверьте доход за предыдущий год. Если он не превысил 20 млн рублей — вы вправе получить освобождение по ст. 145 НК РФ. Уведомите налоговый орган до 20-го числа месяца применения (уточните актуальный порядок по ст. 145 и приказам ФНС). Если превысил — освобождение по ст. 145 недоступно.
• Шаг 2. Проведите аудит операций. Разделите выручку: медицинские услуги по перечню Правительства (ст. 149) — отдельно; иные операции (товары, услуги вне медицинской деятельности) — отдельно.
• Шаг 3. Выберите ставку для облагаемых операций. Если доход до 272,5 млн рублей — спецставка 5% без вычетов (пп. 1 п. 8 ст. 164). Если до 490,5 млн рублей — спецставка 7% без вычетов (пп. 2 п. 8 ст. 164). Если входящий НДС существенен — рассмотрите ставку 22% с вычетами.
• Шаг 4. Перенастройте учётную систему. Каждая номенклатурная позиция должна получить признак: «без НДС по ст. 149», «без НДС по ст. 145», «НДС 5%», «НДС 7%» или «НДС 22%». Это единственный способ корректно формировать декларацию.
• Шаг 5. Перепишите шаблоны договоров и счетов-фактур. В каждом договоре и первичном документе должно быть корректное основание: «Без налога (НДС) — пп. 2 п. 2 ст. 149 НК РФ» или «НДС 5%» с соответствующей суммой. Счёт-фактура — обязателен для юридических лиц по любому режиму.

• Получить или проверить актуальный перечень медицинских услуг, освобождённых по ст. 149 НК РФ (утверждается Правительством РФ).
• Сверить доход за прошлый год с порогом 20 млн рублей (п. 1 ст. 145 НК РФ) — для тех, кто рассчитывает на освобождение.
• Разграничить облагаемые и необлагаемые операции в учётной системе — настроить раздельный учёт по ст. 170 НК РФ.
• Выбрать ставку для облагаемых операций и помнить: выбор спецставки связывает на 12 кварталов (п. 9 ст. 164 НК РФ).
• Перепроверить шаблоны счетов-фактур: основание льготы, ставка, сумма НДС — три обязательных элемента для каждой позиции.

Типичные ошибки медицинских организаций на УСН при работе со счетами-фактурами

На практике бюро встречаются одни и те же ошибки. Их знание — это готовность к камеральной проверке.

Ошибка 1. «Мы на упрощёнке — счета-фактуры не нужны». Это было верно до 2025 года. С вступлением в силу 176-ФЗ от 12.07.2024 упрощенцы — плательщики НДС. Счёт-фактура обязателен при любом режиме (с отметкой «Без налога (НДС)» или с указанием ставки).

Ошибка 2. Путаница между ст. 145 и ст. 149. Освобождение по ст. 145 — это освобождение организации от статуса плательщика НДС при доходе не выше 20 млн рублей. Льгота по ст. 149 — это освобождение конкретной операции от НДС вне зависимости от системы налогообложения. Если перепутать основание в счёте-фактуре — у контрагента-юрлица возникнут проблемы с вычетом (если он вообще есть), а у вас — с классификацией операции.

Ошибка 3. Выбор спецставки без анализа структуры входящего НДС. Организация выбирает ставку 5%, потому что «меньше». Но при закупке дорогостоящего оборудования, облагаемого НДС по ставке 22%, и большой доле облагаемых операций ставка 22% с вычетами может быть выгоднее. Расчёт нужен до подачи уведомления, а не после.

Ошибка 4. Отсутствие раздельного учёта при смешанной деятельности. Медицинская деятельность льготируется, а, скажем, аренда оборудования или обучение — нет. Единая корзина без раздельного учёта — прямой риск доначислений и штрафа по п. 1 ст. 122 НК РФ (20% от суммы недоимки) или по п. 3 ст. 122 (40% при установлении умысла).

Ошибка 5. Выставление счёта-фактуры с выделенным НДС при освобождении по ст. 145. Если вы на освобождении, но выставили счёт-фактуру с НДС по просьбе контрагента — обязанность уплатить этот НДС в бюджет возникает немедленно (п. 5 ст. 173 НК РФ). Право на вычет при этом не появляется.

Материал носит информационный характер и не является юридической консультацией. Нормативная база актуальна на дату публикации — 21 мая 2026 года. Перед принятием решений рекомендуем проверить актуальную редакцию НК РФ и подзаконных актов.