Раздельный учёт НДС на УСН: транспорт и логистика

Автор: Наталья Свияжская  |  26 мая 2026

Почему транспорт и логистика на УСН — отдельный случай

Большинство транспортных компаний убеждены: «Мы на упрощёнке — НДС не наша история». Это было справедливо до 2025 года. Теперь — нет. С момента вступления в силу 176-ФЗ от 12.07.2024 упрощенцы стали плательщиками НДС в обязательном порядке, если доход за предыдущий год превысил порог освобождения.

Порог освобождения с 1 января 2026 года закреплён на уровне 20 млн рублей дохода за предыдущий год (п. 1 ст. 145 НК РФ, 176-ФЗ в ред. 425-ФЗ от 28.11.2025). Если ваш доход за 2025 год не превысил 20 млн рублей — вы можете применять освобождение, не выставлять НДС клиентам и не вести раздельный учёт в привычном смысле. Если превысил — перед вами выбор ставки и, почти неизбежно, раздельный учёт.

Отраслевая специфика транспорта в том, что законодатель предусмотрел несколько ставок НДС именно для перевозок:

• Нулевая ставка 0% (п. 1 ст. 164 НК РФ) — международные перевозки, транзит через территорию России, перевозки с использованием трубопроводного транспорта (ряд позиций), воздушные перевозки на Дальний Восток и в Калининград и иные операции по перечню п. 1 ст. 164.
• Льготная ставка 10% (п. 2 ст. 164 НК РФ) — воздушные внутрироссийские пассажирские и багажные перевозки (за исключением перечисленных в пп. 4.1–4.2 п. 1 ст. 164).
• Основная ставка 22% (п. 3 ст. 164 НК РФ, 425-ФЗ от 28.11.2025) — с 1 января 2026 года вместо прежних 20%; применяется ко всем операциям, которые не попадают под 0% или 10%, включая стандартные внутренние грузоперевозки, экспедирование, складские услуги.

Если компания оказывает одновременно международные перевозки (0%) и внутренние грузоперевозки (22%), она обязана вести раздельный учёт выручки, налоговой базы и входящего НДС по расходам — это прямое требование ст. 170 НК РФ. Смешивать потоки нельзя: иначе налоговая откажет в вычете «входного» НДС по расходам целиком, а не только в части, относящейся к не облагаемым операциям.

Шаг 1. Проверить порог и определить свой статус НДС

Первое, что нужно сделать руководителю транспортной компании на УСН, — сверить фактический доход за предыдущий год с порогом 20 млн рублей.

Доход до 20 млн рублей за предыдущий год. Вы вправе применять освобождение от НДС по ст. 145 НК РФ. Порог зафиксирован на 2026–2028 годы на отметке 20 млн рублей: законопроект № 1256655-8 предусматривает заморозку без снижения в ближайшие годы; конкретные сроки возможного снижения до 15 или 10 млн рублей уточняются [VERIFY]. При освобождении счета-фактуры выставляются с отметкой «Без налога (НДС)», раздельный учёт в сложном смысле не требуется, декларация НДС подаётся в упрощённом порядке.

Доход от 20 млн до 272,5 млн рублей. Можно применять спецставку 5% (пп. 1 п. 8 ст. 164 НК РФ, 176-ФЗ; лимит с учётом дефлятора 1,090 — 272,5 млн рублей). При этом вычеты входящего НДС недоступны — он включается в стоимость расходов. Спецставка связывает на 12 последовательных кварталов (п. 9 ст. 164 НК РФ). Менять ставку в середине периода нельзя.

Доход от 272,5 млн до 490,5 млн рублей. Применяется спецставка 7% (пп. 2 п. 8 ст. 164 НК РФ; лимит с учётом дефлятора — 490,5 млн рублей). Вычеты также недоступны. Период применения — те же 12 кварталов.

Доход свыше 490,5 млн рублей. Спецставки недоступны, применяется стандартный режим со ставкой 22% (п. 3 ст. 164 НК РФ) и полным правом на вычеты по ст. 171–172 НК РФ. Именно в этом случае раздельный учёт приобретает наибольшую практическую ценность: грамотное разделение потоков позволяет заявить максимальный вычет по «входному» НДС.

Важная деталь для ИП-перевозчиков: согласно 104-ФЗ от 25.04.2026, проценты по банковским вкладам не учитываются в пороге освобождения при доходе ИП не более 60 млн рублей за 2025 год. Это снижает риск случайного превышения 20 млн рублей за счёт пассивных доходов.

Шаг 2. Инвентаризировать операции и распределить по ставкам

Раздельный учёт НДС на УСН в транспорте начинается с реестра операций. До того как настраивать субсчета, нужно ответить на вопрос: какие виды деятельности у вас есть и к какой ставке относится каждый?

Составьте список типовых сделок с привязкой к ставке. Пример структуры для логистической компании:

Международные автомобильные перевозки (экспорт/импорт)

Ставка 0% при наличии подтверждающих документов по ст. 165 НК РФ (CMR, таможенная декларация, договор). Срок подтверждения — [VERIFY] дней с момента отгрузки; без подтверждения применяется ставка 22%.

Внутрироссийские грузоперевозки

Ставка 22% с 01.01.2026 (п. 3 ст. 164 НК РФ, 425-ФЗ). Если применяете спецставку 5% или 7% — те же операции облагаются по выбранной спецставке (операции внутри страны под льготные ставки ст. 164 п. 1–2 не подпадают).

Экспедиторские услуги

Облагаются НДС по ставке, применяемой к основной перевозке: если перевозка международная — обсуждается применение 0% (практика неоднородна; уточните позицию по текущей редакции и актуальным разъяснениям ФНС [VERIFY]). Внутрироссийские экспедиторские услуги — 22%.

Складские и стивидорные услуги

Стандартная ставка 22%. Льгот по ст. 164 для этих операций нет, если только они не являются частью международного транспортно-логистического процесса с применением 0% (комплекс услуг по пп. 2.1 п. 1 ст. 164 — уточните перечень).

Внутрироссийские пассажирские перевозки

Воздушные перевозки — 10% (п. 2 ст. 164 НК РФ). Иные внутренние пассажирские перевозки — в зависимости от вида транспорта и перечня льгот по ст. 149 и 164 НК РФ [VERIFY].

После составления реестра каждой строке в учётной системе присваивается признак ставки. Это основа для дальнейшего формирования налоговой базы в декларации НДС.

Шаг 3. Настроить аналитику в учётной системе

Технически раздельный учёт означает, что в вашей 1С (или иной системе) для каждой ставки НДС существуют отдельные субсчета. Стандартная аналитика «по ставкам» во многих системах есть из коробки — задача в том, чтобы корректно настроить автоматическое присвоение ставки в зависимости от вида операции.

Ключевые точки настройки для транспортной компании:

• Номенклатурные группы услуг с привязкой к ставке НДС (международные перевозки — 0%, внутренние грузоперевозки — 22%/7%/5%, пассажирские — 10%).
• Субсчета к счёту 19 «НДС по приобретённым ценностям» — отдельно по расходам, относимым к операциям с разными ставками, и по общехозяйственным расходам.
• Алгоритм пропорционального распределения входящего НДС по общехозяйственным расходам (топливо, ремонт, аренда) — пропорционально выручке по каждой ставке в текущем квартале.
• Реестр подтверждающих документов по ставке 0% (CMR, контракты, таможенные декларации) с контролем сроков подтверждения.
• Шаблоны счетов-фактур с корректным заполнением поля «Ставка НДС» для каждого вида операции.

Практическое правило для небольших транспортных компаний: если доля операций по одной ставке превышает 95% выручки, допустимо применять упрощённый (прямой) метод учёта для оставшихся 5% — весь входящий НДС по общим расходам относить на основную ставку. Это снижает трудоёмкость, но требует ежеквартальной проверки соотношения. Если соотношение изменилось — метод нужно пересмотреть. Закрепите выбранный метод в учётной политике: налоговая вправе запросить её при камеральной проверке декларации (ст. 88 НК РФ).

Шаг 4. Принять решение по спецставке: экономика выбора

Главное заблуждение транспортных компаний при переходе на НДС: «Ставка 5% дешевле, значит, выгоднее». Это не всегда так. Выбор между спецставкой (5% или 7% без вычетов) и стандартной ставкой (22% с вычетами) зависит от доли входящего НДС в расходах компании.

Транспортный бизнес — высокозатратный: топливо, запчасти, лизинговые платежи по технике, ремонт — всё это расходы, в которых сидит НДС по ставке 22%. При спецставке 5% или 7% весь этот входящий НДС вы теряете: он не принимается к вычету, а включается в себестоимость, увеличивая базу по налогу на прибыль или УСН-доходы. При ставке 22% с вычетами вы можете компенсировать значительную часть НДС, уплаченного поставщикам.

Упрощённая модель расчёта для выбора ставки:

Сценарий А: спецставка 5%, доход 200 млн рублей в год, расходы с НДС 22% — 120 млн рублей

НДС к уплате = 200 млн x 5/105 = ~9,5 млн рублей. Входящий НДС к вычету = 0 (при спецставке). Итого НДС-нагрузка — 9,5 млн рублей.

Сценарий Б: ставка 22%, тот же доход и расходы

НДС начисленный = 200 млн x 22/122 = ~36 млн рублей. Входящий НДС к вычету = 120 млн x 22/122 = ~21,6 млн рублей. НДС к уплате = ~14,4 млн рублей. Здесь нагрузка выше — при таком соотношении доходов и расходов спецставка выгоднее. Но при росте доли расходов с входящим НДС картина меняется.

Сценарий В: компания преимущественно субподрядит перевозки

Если 80% расходов — оплата перевозчикам-плательщикам НДС (счета-фактуры с 22%), вычет по ставке 22% может быть сопоставим с самим начисленным НДС. В этом случае стандартная ставка становится предпочтительней.

Критически важно: спецставка применяется в течение 12 последовательных кварталов (п. 9 ст. 164 НК РФ, 176-ФЗ). Досрочный отказ не предусмотрен — только исключение для тех, кто впервые переходит на спецставку с 01.01.2026: для них действует окно однократного отказа в течение 4 налоговых периодов (абз. 2 п. 9 ст. 164 НК РФ, 425-ФЗ). Это означает, что решение, принятое без расчёта, будет работать против вас три года.

Шаг 5. Выстроить документооборот и подготовить декларацию

После выбора ставки и настройки аналитики остаётся операционная часть: документооборот и сдача отчётности. Для транспортных компаний это означает несколько специфических требований.

Счета-фактуры. Обязательны для всех плательщиков НДС (ст. 169 НК РФ). При ставке 0% — счёт-фактура с указанием ставки 0% и пакет подтверждающих документов по ст. 165 НК РФ. При спецставке 5%/7% — счёт-фактура с соответствующей ставкой. При ставке 22% — стандартный счёт-фактура с расчётными суммами.

Книга продаж и книга покупок. Регистрируйте каждый счёт-фактуру в соответствующем регистре. Разделение по ставкам в книге продаж — это основа для корректного заполнения разделов декларации НДС. Смешивание ставок в одной строке книги продаж — техническая ошибка, которая приведёт к расхождениям в АСК НДС-2 и запросу пояснений от налоговой.

Подтверждение ставки 0%. Для международных перевозок пакет документов по ст. 165 НК РФ нужно собрать в установленный срок [VERIFY]. Если документы не собраны в срок, исчисляется НДС по ставке 22% с правом на последующий вычет после представления документов.

Сроки отчётности. Декларация НДС — не позднее 25-го числа месяца, следующего за истёкшим кварталом, исключительно в электронном виде (п. 5 ст. 174 НК РФ). Уплата — не позднее 28-го числа каждого из трёх месяцев, следующих за кварталом, тремя равными частями (п. 1 ст. 174 НК РФ). Нарушение срока подачи декларации — штраф от 5% суммы налога за каждый месяц, минимум 1000 рублей, максимум 30% (п. 1 ст. 119 НК РФ). Неуплата или недоплата налога — 20% от суммы недоимки (п. 1 ст. 122 НК РФ), при умысле — 40% (п. 3 ст. 122 НК РФ).

Типичные ошибки и как их избежать

На практике транспортные компании, впервые столкнувшиеся с НДС на УСН, повторяют несколько одних и тех же ошибок. Разберём их напрямую.

Ошибка 1: один счёт-фактура на смешанную перевозку

Компания выполнила маршрут Москва — Берлин (0%) с промежуточной складской обработкой в Смоленске (22%) и выставила один счёт-фактуру без разбивки. Налоговая при камеральной проверке потребует пояснения и доначислит НДС по ставке 22% на весь счёт-фактуру. Правильно: два отдельных счёта-фактуры или детальная разбивка в одном документе.

Ошибка 2: принять к вычету «входной» НДС при применении спецставки

Бухгалтер по привычке регистрирует счета-фактуры поставщиков в книге покупок, рассчитывая на вычет. При спецставке 5% или 7% — это прямое нарушение п. 2 ст. 171 НК РФ. Налоговая обнаружит расхождение при встречной сверке, доначислит НДС и штраф 20%.

Ошибка 3: не уведомить об освобождении при доходе ниже 20 млн рублей

Компания с доходом 15 млн рублей за 2025 год не подала уведомление об освобождении и не выставляла счета-фактуры. По итогам камеральной проверки налоговая исчислила НДС расчётным методом из полученных оплат. Уведомление — это не автоматика: его нужно подать в установленном порядке.

Ошибка 4: не пересчитать пропорцию в середине квартала

В первом месяце квартала 95% выручки — международные перевозки (0%), в третьем месяце пришёл крупный внутренний заказчик, доля сместилась до 60%. Компания продолжала относить весь входящий НДС на операции со ставкой 0% (без вычета). По итогу квартала — занижение вычета по операциям со ставкой 22%. Пересчитывайте пропорцию по итогам каждого квартала.

Материал носит информационный характер и не является юридической консультацией. Нормы НК РФ применяются с учётом конкретных обстоятельств деятельности. Уточняйте актуальную редакцию норм на момент применения.