Раздельный учёт НДС на УСН: как оформить

Раздельный учёт НДС на УСН — это не отдельная система: это конкретный регламент в учётной политике плюс аналитика в бухгалтерском учёте, которая позволяет доказать, какой входной НДС принят к вычету, а какой включён в затраты. Без этого регламента инспекция при камеральной проверке вправе снять все вычеты по операциям, где ставки смешаны. Поэтому вопрос «меня это не касается, я на упрощёнке» закрылся ещё в 2025 году: с момента вступления в силу 176-ФЗ от 12.07.2024 все упрощенцы стали плательщиками НДС — разница только в том, есть ли у вас освобождение по ст. 145 НК РФ.

Кого касается раздельный учёт НДС на УСН: порог 20 млн руб. и реформа-2026

С 01.01.2025 организации и индивидуальные предприниматели на УСН признаются плательщиками НДС в силу закона — 176-ФЗ от 12.07.2024 внёс соответствующие изменения в НК РФ. До 2025 года этого не было. С 01.01.2026 вступил в силу 425-ФЗ от 28.11.2025, который установил новый порог освобождения для упрощенцев: если доход за предыдущий год не превысил 20 млн руб., применяется освобождение от НДС по п. 1 ст. 145 НК РФ автоматически.

Если доход перевалил за 20 млн руб. — освобождение не действует, и вы обязаны платить НДС, выбрав ставку. Ставки для упрощенцев три варианта: спецставка 5% (пп. 1 п. 8 ст. 164 НК РФ, 176-ФЗ) при доходах до 272,5 млн руб. в 2026 году, спецставка 7% (пп. 2 п. 8 ст. 164) при доходах до 490,5 млн руб., или стандартная ставка 22% (п. 3 ст. 164, 425-ФЗ, с 01.01.2026) с правом на вычеты. Лимиты 272,5 и 490,5 млн руб. рассчитаны с учётом дефлятора 1,090 (приказ МЭР от 06.11.2025 № 734).

Раздельный учёт практически необходим в двух ситуациях. Первая: вы применяете стандартную ставку 22% и часть операций льготируется (освобождена по ст. 149 НК РФ) — в этом случае входной НДС нужно разделить между принимаемым к вычету и включаемым в стоимость. Вторая: вы совмещаете операции, облагаемые по разным ставкам (например, 10% на продовольствие и 22% на прочее). При спецставках 5% или 7% вычетов нет — входной НДС полностью включается в затраты, и раздельный учёт в классическом виде не требуется. Но и здесь нужна аналитика, чтобы подтвердить: входной налог действительно учтён в расходах.

Когда раздельный учёт обязателен, а когда — нет

Обязанность вести раздельный учёт установлена п. 4 ст. 170 НК РФ: если налогоплательщик одновременно осуществляет операции, облагаемые НДС, и операции, освобождённые от налога по ст. 149 НК РФ, он обязан раздельно учитывать суммы входного НДС по товарам, работам, услугам, используемым в облагаемых и необлагаемых операциях.

Последствие отсутствия раздельного учёта при наличии смешанных операций прямо прописано в той же статье: вычет не применяется и в расходы налог также не включается. Это означает двойное поражение: ни вычета, ни уменьшения базы. Именно поэтому при камеральной проверке декларации по НДС инспекция в первую очередь смотрит, есть ли в учётной политике регламент раздельного учёта и как он применяется на практике.

Когда раздельный учёт не нужен:

• Вы применяете освобождение по ст. 145 НК РФ (доход за прошлый год до 20 млн руб.) — НДС не начисляется совсем.
• Вы применяете спецставки 5% или 7% — вычетов нет по условиям ставки (п. 8 ст. 164 НК РФ), входной НДС полностью включается в стоимость товаров или расходы.
• Все ваши операции облагаются по одной ставке и нет льготируемых операций по ст. 149 НК РФ.

Когда раздельный учёт обязателен:

• Вы платите НДС по ставке 22% и часть операций освобождена по ст. 149 НК РФ.
• У вас есть операции по разным ставкам (например, 10% и 22%) и входной НДС используется для обеих групп.
• Вы применяете нулевую ставку по экспортным операциям (ст. 165 НК РФ) наряду с операциями по 22%.

Как оформить раздельный учёт НДС: пошаговый порядок

Раздельный учёт — это прежде всего документ. Инспекция при проверке будет смотреть не на ваши намерения, а на то, что закреплено в учётной политике и как это отражено в регистрах. Порядок оформления следующий.

Шаг 1. Утвердить учётную политику с разделом о раздельном учёте НДС. Учётная политика для целей налогообложения утверждается приказом руководителя до начала налогового периода (года). Если вы стали плательщиком НДС с 01.01.2025 или с 01.01.2026 — учётная политика должна содержать раздел о раздельном учёте. В нём фиксируется: метод распределения входного НДС, критерии отнесения затрат к облагаемым/необлагаемым операциям, порядок ведения субсчетов (аналитики) счёта 19, а также порядок применения «правила пяти процентов», если оно используется.

Шаг 2. Настроить аналитику счёта 19. К счёту 19 «НДС по приобретённым ценностям» открываются субсчета (или аналитические признаки) по видам операций:

• 19.01 — НДС по товарам (работам, услугам), используемым исключительно в облагаемых операциях (принимается к вычету);
• 19.02 — НДС по товарам (работам, услугам), используемым исключительно в необлагаемых операциях (включается в стоимость);
• 19.03 — НДС по товарам (работам, услугам), используемым в обоих видах операций (распределяется пропорционально).

Шаг 3. Определить пропорцию распределения входного НДС. Базовая пропорция по п. 4 ст. 170 НК РФ: доля выручки от облагаемых операций в общей выручке за квартал. Формула: выручка от облагаемых операций (без НДС) делится на общую выручку (без НДС) за квартал. Полученная доля умножается на входной НДС по смешанным расходам — это сумма к вычету. Оставшаяся часть включается в стоимость или в расходы.

Шаг 4. Зафиксировать расчёт пропорции в регистре-справке. Это может быть бухгалтерская справка, сводная таблица или регистр в учётной системе — главное, чтобы документ содержал реквизиты первичного документа (дата, подпись), данные о выручке по видам операций и итоговую долю. Инспекция при камеральной проверке вправе истребовать эти регистры по ст. 93 НК РФ.

Шаг 5. Отразить распределение в книге покупок и декларации. Счета-фактуры поставщиков по смешанным расходам регистрируются в книге покупок в части, принятой к вычету. Оставшаяся часть входного НДС в книге покупок не отражается — она учтена в стоимости или в расходах. В декларации по НДС (форма по приказу ФНС [VERIFY], представляется в электронном виде не позднее 25-го числа после отчётного квартала, п. 5 ст. 174 НК РФ) раздел 7 заполняется по льготируемым операциям.

Шаг 6. Применять «правило пяти процентов» (при наличии оснований). Если доля совокупных расходов на производство товаров (работ, услуг), операции по реализации которых не облагаются НДС, не превышает 5% от общей величины совокупных расходов за квартал — налогоплательщик вправе не вести раздельный учёт в этом квартале и принять весь входной НДС к вычету (абз. 7 п. 4 ст. 170 НК РФ). Это исключение, а не правило: его наличие и расчёт также должны быть закреплены в учётной политике и подтверждены расчётом.

Выбор ставки НДС на УСН: как это связано с раздельным учётом

Выбор ставки НДС — ключевое решение, которое прямо влияет на то, нужен ли раздельный учёт в классическом виде. Разберём логику по каждому варианту.

Типичные ошибки при оформлении раздельного учёта

Большинство проблем при камеральной проверке декларации по НДС у упрощенцев связаны не с умыслом, а с тремя системными ошибками на старте.

Ошибка 1: учётная политика принята, но раздельный учёт в ней не описан. Фраза «НДС учитывается в соответствии с НК РФ» без конкретного регламента — это не учётная политика для целей раздельного учёта. Инспекция при истребовании регистров по ст. 93 НК РФ запросит именно методику: как делится входной НДС, какие субсчета используются, кто и когда составляет справку-расчёт пропорции. Если этого нет — вычеты под угрозой.

Ошибка 2: пропорция считается по выручке с НДС, а не без НДС. НК РФ прямо указывает: для расчёта пропорции берётся стоимость отгруженных товаров (работ, услуг) без НДС (п. 4.1 ст. 170 НК РФ). Если в числителе и знаменателе стоят суммы с НДС — расчёт неверен, пропорция занижена или завышена, вычет рассчитан неправильно.

Ошибка 3: книга покупок регистрирует счета-фактуры на полную сумму, а не в доле вычета. По смешанным расходам счёт-фактура регистрируется в книге покупок только в части, принятой к вычету. Оставшаяся часть в книге покупок не отражается. Если этого не сделано — заявленный вычет в декларации расходится с данными книги покупок, что АСК НДС-2 фиксирует как расхождение и инициирует запрос пояснений.

Ошибка 4: «правило пяти процентов» применяется без документального расчёта. Суды при оценке правомерности применения этого исключения учитывают, был ли расчёт пятипроцентного порога оформлен документально и закреплён в учётной политике. Одной ссылки на норму недостаточно — нужен расчёт расходов по видам операций за квартал.

Ошибка 5: выбор спецставки без анализа поставщиков. Спецставки 5% и 7% выгодны, если поставщики работают без НДС или на УСН. Если основные поставщики — плательщики НДС с 22%, а вы выбрали 5% «чтобы платить меньше», — вы теряете вычеты и несёте двойную нагрузку: платите НДС покупателям, но не принимаете входной налог к вычету. И смените ставку раньше чем через 12 кварталов не получится (п. 9 ст. 164 НК РФ).

• Проверить доход за прошлый год: до 20 млн руб. — освобождение по ст. 145 НК РФ, выше — выбрать ставку.
• Принять учётную политику с разделом о раздельном учёте НДС до начала применения ставки.
• Открыть субсчета к счёту 19 по видам операций: облагаемые, необлагаемые, смешанные.
• Настроить расчёт пропорции за каждый квартал по данным выручки без НДС (п. 4.1 ст. 170 НК РФ).
• Проверить, что книга покупок регистрирует счета-фактуры в части вычета, а не на полную сумму.

Как раздельный учёт связан с выставлением счетов-фактур

Упрощенцы-плательщики НДС обязаны выставлять счета-фактуры по каждой реализации (ст. 168, 169 НК РФ). Счёт-фактура — это основание для вычета у покупателя и ваша обязанность как продавца. Если вы применяете освобождение по ст. 145 НК РФ — счёт-фактуру с выделенным НДС не выставляете. Но если покупатель просит документ — можно выставить счёт-фактуру с пометкой «Без НДС»: НДС при этом не начисляется и в бюджет не уплачивается.

Важный нюанс: если упрощенец на освобождении всё же выставит счёт-фактуру с выделенной суммой НДС — он обязан уплатить эту сумму в бюджет (п. 5 ст. 173 НК РФ) и подать декларацию. Это распространённая ошибка при переходе: «на всякий случай» выделили НДС в счёте-фактуре клиенту, получили обязанность уплатить, не уплатили — штраф за неуплату 20% по п. 1 ст. 122 НК РФ.

При ставке 22% с вычетами счёт-фактура — ещё и документ раздельного учёта. Если счёт-фактура выставлен на операцию, частично освобождённую от НДС, — он регистрируется в книге продаж в части облагаемой операции. Покупателю, соответственно, передаётся счёт-фактура только на облагаемую часть. Это требует чёткого разграничения операций уже на этапе выставления первичных документов, а не постфактум.

Что проверяет инспекция при камеральной проверке декларации НДС

Камеральная проверка декларации по НДС — стандартная процедура по ст. 88 НК РФ. Инспекция проверяет декларацию в автоматическом режиме через АСК НДС-2: система сопоставляет данные книги покупок вашей компании с книгами продаж ваших контрагентов. Если входной НДС заявлен к вычету, но контрагент не отразил реализацию — фиксируется расхождение («разрыв»), следует требование по ст. 93 НК РФ.

При наличии раздельного учёта проверяются дополнительно: соответствие заявленных вычетов методике, закреплённой в учётной политике; правильность расчёта пропорции; корректность заполнения раздела 7 декларации (необлагаемые операции); наличие и содержание регистров раздельного учёта. Инспекция вправе истребовать эти документы по ст. 93 НК РФ при проведении камеральной проверки.

На практике суды при оценке правомерности вычетов учитывают: закреплена ли методика в учётной политике, соответствует ли расчёт пропорции данным учёта, соблюдена ли последовательность применения метода. Если методика менялась в течение года без внесения изменений в учётную политику — это аргумент в пользу инспекции. Поэтому изменения в порядке раздельного учёта оформляются дополнением к учётной политике с указанием даты начала применения.

Опубликовано: 9 мая 2026

Материал носит информационный характер и не является юридической консультацией. Для оценки конкретной ситуации обратитесь к специалисту.