Льготы по ст. 149 НК: медицина

24 мая 2026 · Виктор Аршинов, эксперт по НДС

Что изменилось для медицины на УСН с 2025–2026 года

С 2025 года все организации и ИП на упрощённой системе налогообложения признаются плательщиками НДС — это закреплено в 176-ФЗ от 12.07.2024. Норма распространяется и на медицинский бизнес: клиники, стоматологии, диагностические центры, частные практики. Многие владельцы таких бизнесов при первом знакомстве с изменениями делают типичный вывод: «Меня это не касается — я на упрощёнке, а медицина освобождена от НДС». Это заблуждение, которое стоит разобрать по частям.

Логика реформы устроена так. Если ваш доход за предыдущий год не превысил 20 млн ₽ — вы вправе применить освобождение по ст. 145 НК РФ и фактически не начислять НДС на большую часть выручки. Если доход выше 20 млн ₽ — вы обязаны платить НДС: выбираете между спецставкой 5% (лимит 272,5 млн ₽ с учётом дефлятора 1,090 на 2026, п. 8–9 ст. 164 НК РФ) или 7% (лимит 490,5 млн ₽), либо применяете общую ставку 22%.

Теперь — ключевое для медицины. Льгота по ст. 149 НК РФ работает на другом уровне. Это не выбор ставки и не пороговое освобождение — это прямое указание закона: конкретные медицинские услуги не являются объектом НДС. Поэтому если клиника оказывает только льготируемые услуги и доход не превышает 20 млн ₽ — практически весь НДС-вопрос снимается. Но если есть смешанная деятельность (льготируемые и нельготируемые операции) или доход выше порога — возникают обязательства, которые нужно корректно выстроить.

Какие медицинские услуги освобождены от НДС по пп. 2 п. 2 ст. 149 НК РФ

Льгота по ст. 149 НК РФ — не общая для «медицины как отрасли». Она распространяется на конкретные виды услуг. Перечень определяется на основании Общероссийского классификатора видов экономической деятельности и Перечня медицинских услуг, утверждённого Правительством РФ.

В основном освобождение охватывает:

• медицинские услуги, определённые в перечне, утверждённом Правительством РФ в соответствии с пп. 2 п. 2 ст. 149 НК РФ: диагностика, профилактика, лечение и медицинская реабилитация при оказании стационарной, амбулаторно-поликлинической и санаторно-курортной медицинской помощи;
• скорую медицинскую помощь;
• медицинскую экспертизу;
• услуги по сбору у населения крови, проводимые медицинским персоналом;
• дежурство медперсонала у постели больного;
• патолого-анатомические услуги;
• услуги по протезированию и ортопедической помощи (по отдельному перечню).

При этом ряд связанных с медициной операций льготой не покрывается. Под ст. 149 не подпадают:

• косметологические услуги, прямо не отнесённые к медицинской помощи (уточняется по конкретному виду и лицензии);
• продажа лекарственных препаратов и медицинских изделий (для них — отдельные нормы пп. 1 и 4 п. 2 ст. 149 НК РФ);
• платные образовательные программы для медицинского персонала (если не входят в перечень);
• аренда медицинского оборудования сторонним организациям;
• услуги немедицинского характера: охрана, питание, услуги прачечной в стационаре.

Важный практический момент: льгота применяется только при наличии действующей лицензии на медицинскую деятельность (п. 6 ст. 149 НК РФ). Истёкшая или приостановленная лицензия — автоматическая потеря льготы на период нарушения. Суды при оценке обоснованности освобождения в первую очередь проверяют наличие и действительность лицензии на момент оказания услуги.

Пошаговая инструкция: как применять льготу по ст. 149 медицинской организации на УСН

Шаг 1. Проверьте, какие именно услуги вы оказываете и есть ли лицензия

Составьте полный реестр услуг клиники с разбивкой по ОКВЭД и видам деятельности. Для каждой позиции — проверьте соответствие Перечню, утверждённому Правительством РФ по пп. 2 п. 2 ст. 149 НК РФ. Параллельно убедитесь, что лицензия на медицинскую деятельность действует и охватывает именно те виды, которые вы предъявляете к льготе.

Шаг 2. Определите свою позицию по порогу доходов

Сравните доход за предыдущий год с порогом 20 млн ₽ (п. 1 ст. 145 НК РФ в редакции 425-ФЗ от 28.11.2025). Это доход, учитываемый по правилам УСН. Обратите внимание: с 2026 года проценты по банковским вкладам не учитываются в пороге для ИП с доходом до 60 млн ₽ за 2025 год (104-ФЗ от 25.04.2026) — для предпринимателей это важная деталь.

• Доход не превысил 20 млн ₽ — вправе применить освобождение по ст. 145 НК РФ. Льгота по ст. 149 применяется поверх: освобождённые медуслуги в любом случае не облагаются.
• Доход превысил 20 млн ₽ — вы плательщик НДС. Выбираете: спецставка 5% (лимит 272,5 млн ₽) или 7% (лимит 490,5 млн ₽) — без права на вычеты; либо общая ставка 22% — с правом на вычеты. Льготируемые медуслуги по ст. 149 при любом выборе остаются освобождёнными и в базу НДС не включаются.

Шаг 3. Настройте раздельный учёт облагаемых и необлагаемых операций

Если клиника ведёт только льготируемую медицинскую деятельность — раздельный учёт в части НДС технически прост: весь входящий НДС по расходам включается в стоимость, к вычету не принимается (пп. 1 п. 2 ст. 170 НК РФ).

Если есть и льготируемые (ст. 149), и облагаемые операции — раздельный учёт обязателен по ст. 170 НК РФ. Пропорция рассчитывается исходя из выручки: входящий НДС делится между облагаемой и необлагаемой деятельностью. Нарушение — риск полного снятия вычетов по итогам камеральной проверки.

Шаг 4. Отразите льготируемые операции в декларации по НДС

Операции, освобождённые по ст. 149 НК РФ, отражаются в разделе 7 декларации по НДС — вне зависимости от того, есть ли у вас облагаемые операции. Декларация сдаётся электронно до 25-го числа после каждого квартала (п. 5 ст. 174 НК РФ). Если вся деятельность льготируемая и порог 20 млн ₽ не превышен, вы применяете освобождение по ст. 145, но декларацию с разделом 7 всё равно нужно подавать при наличии операций по ст. 149.

Уплата НДС по облагаемым операциям производится 28-го числа равными долями в течение трёх месяцев после отчётного квартала (п. 1 ст. 174 НК РФ). По льготируемым операциям уплаты НДС нет.

Шаг 5. Проверьте документальное подтверждение льготы

При камеральной проверке инспекция вправе истребовать документы, подтверждающие право на льготу по ст. 149 (ст. 88, 93 НК РФ): лицензию, первичные документы по оказанным услугам, договоры, акты, медицинские карты. Суды при оценке реальности льготируемых операций оценивают полноту первичного учёта и соответствие фактически оказанных услуг перечню. Документы должны подтверждать не просто «медицинскую деятельность», а конкретный вид услуги, попадающий в перечень.

Шаг 6. Примите решение по отказу от льготы (если это выгодно)

Льгота по ст. 149 НК РФ не является обязательной — налогоплательщик вправе отказаться от освобождения в порядке п. 5 ст. 149 НК РФ. Это имеет смысл, если входящий НДС по расходам значителен, а контрагенты — плательщики НДС и нуждаются в счетах-фактурах с выделенным налогом. Отказ подаётся в налоговый орган до начала налогового периода, с которого планируется не применять льготу. Конкретные сроки и форму уточните по актуальной редакции п. 5 ст. 149 НК РФ.

• Составлен реестр всех оказываемых услуг с привязкой к ОКВЭД и перечню по пп. 2 п. 2 ст. 149 НК РФ.
• Лицензия на медицинскую деятельность действует и охватывает льготируемые виды услуг.
• Определена позиция по порогу доходов (20 млн ₽ по ст. 145 НК РФ) и выбрана стратегия: освобождение или спецставка.
• Настроен раздельный учёт облагаемых и необлагаемых операций (если есть смешанная деятельность).
• Декларация по НДС с разделом 7 подаётся ежеквартально до 25-го числа в электронном виде.

Типичные ошибки медицинских организаций при применении льготы по ст. 149

Анализ ситуаций из практики показывает несколько повторяющихся проблем.

Ошибка 1. «Вся медицина — льготируемая». Руководство клиники считает, что раз деятельность медицинская, все операции автоматически под ст. 149. Это не так. Аренда помещений, продажа товаров, не входящих в льготируемые перечни, образовательные услуги — могут быть облагаемыми. Каждую операцию нужно отдельно квалифицировать.

Ошибка 2. Льгота без лицензии или при истёкшей лицензии. Организация продолжает применять освобождение по ст. 149, не отслеживая срок действия лицензии. Инспекция доначисляет НДС за весь период работы без действующей лицензии — плюс штраф 20% по п. 1 ст. 122 НК РФ за неуплату.

Ошибка 3. Отсутствие декларации по НДС при «полном освобождении». Клиника считает, что раз НДС к уплате нет — декларацию подавать не нужно. Это ошибка: при наличии операций по ст. 149 раздел 7 декларации обязателен. Непредставление декларации — штраф по п. 1 ст. 119 НК РФ от 5% в месяц, максимум 30%, минимум 1000 ₽.

Ошибка 4. Неверная пропорция при раздельном учёте. Организация рассчитывает пропорцию по ст. 170 НК РФ с ошибками: не включает все виды облагаемой выручки или некорректно определяет базу. Итог — завышенный вычет и доначисления при камеральной проверке.

Ошибка 5. Отказ от льготы без уведомления. Клиника фактически начала выставлять счета-фактуры с выделенным НДС, не уведомив инспекцию об отказе от льготы по п. 5 ст. 149 НК РФ. Это создаёт коллизию в учёте и риски для покупателей (у них вычет по «неправомерно выставленным» счетам-фактурам может быть оспорен).

Выбор ставки и счета-фактуры: что нужно знать медицинской клинике

При наличии облагаемых операций (помимо льготируемых по ст. 149) клиника выбирает ставку. Здесь действуют общие правила реформы 2025–2026.

Спецставка 5% (расчётная 5/105). Применяется, если доход не превысил 272,5 млн ₽ (с учётом дефлятора 1,090, п. 8–9 ст. 164 НК РФ). Преимущество — ниже налоговая нагрузка. Недостаток — нет права на вычеты по входящему НДС. Спецставка связывает налогоплательщика на 12 последовательных кварталов (п. 9 ст. 164 НК РФ). Для впервые перешедших в 2026 году действует однократное окно отказа в течение 4 налоговых периодов (абз. 2 п. 9 ст. 164 НК РФ, 425-ФЗ от 28.11.2025).

Спецставка 7% (расчётная 7/107). Применяется, если доход превысил 272,5 млн ₽, но не превысил 490,5 млн ₽. Те же ограничения: без вычетов, 12-квартальный период.

Общая ставка 22%. Без ограничений по доходу (основная ставка с 01.01.2026 — 22%, п. 3 ст. 164 НК РФ, 425-ФЗ). Право на вычеты есть — но только по той доле расходов, которая относится к облагаемым операциям. Для клиник с большой долей льготируемых медуслуг это может быть экономически невыгодно.

Счета-фактуры. По льготируемым операциям (ст. 149 НК РФ) счёт-фактуру выставлять не нужно (п. 3 ст. 169 НК РФ) — либо выставляется с пометкой «без НДС». По облагаемым операциям — счёт-фактура с выделенной суммой НДС обязателен (ст. 168, 169 НК РФ).

Переходный период 2025–2026 годов для медицины на УСН — это прежде всего период выстраивания учётной системы. Те, кто откладывает этот вопрос, рискуют получить претензии по первой же камеральной проверке.

Материал носит информационный характер и не является юридической консультацией. Нормы НК РФ применяются с учётом конкретных обстоятельств — для оценки вашей ситуации обратитесь к специалисту.