Льготы по ст. 149 НК: фармацевтика
Фармацевтические компании и аптеки на УСН с 2025 года стали плательщиками НДС, но это не означает, что весь оборот автоматически облагается налогом. Статья 149 НК РФ сохраняет действующее освобождение для реализации зарегистрированных лекарственных препаратов и ряда медицинских изделий — независимо от режима налогообложения. Разбираем, кому и как это работает в 2026 году, что изменилось и как правильно выстроить учёт, чтобы не потерять льготу на первой же камеральной проверке.
«Я на упрощёнке — меня это не касается»: почему это ошибочное убеждение
Самое распространённое заблуждение фармацевтических компаний на УСН — считать, что с появлением обязанности платить НДС всё стало одинаково сложным и дорогим. Это не так. Переход упрощенцев в число плательщиков НДС (176-ФЗ от 12.07.2024) не отменил отраслевые льготы по ст. 149 НК РФ. Они продолжают действовать в полном объёме и в 2026 году.
С другой стороны, статус плательщика НДС означает: у вас теперь есть не только обязанности, но и инструменты управления налоговой нагрузкой. Вопрос в том, какой именно инструмент подходит вашей конфигурации — освобождение по ст. 145, льгота по ст. 149, спецставка 5% или 7%, или комбинация нескольких подходов при смешанной деятельности.
Ответ зависит от структуры выручки, состава покупателей и объёма «входящего» НДС. Разберём последовательно.
Что говорит ст. 149 НК РФ о фармацевтической деятельности
Статья 149 НК РФ перечисляет операции, не подлежащие налогообложению. Для фармацевтической отрасли ключевыми являются несколько подпунктов п. 2 и п. 3 ст. 149 НК РФ.
Пп. 1 п. 2 ст. 149 НК РФ — освобождение при реализации медицинских товаров отечественного и зарубежного производства по перечню, утверждённому Правительством РФ. В этот перечень входят лекарственные препараты, в том числе предназначенные для клинических исследований, а также лекарственные субстанции — при условии их регистрации.
Пп. 4 п. 2 ст. 149 НК РФ — освобождение медицинских услуг, оказываемых медицинскими организациями и ИП, осуществляющими медицинскую деятельность. Для аптечных организаций, совмещающих розничную торговлю и, например, изготовление лекарств по рецептам, этот подпункт может применяться к части деятельности.
Ключевое условие применения льготы по пп. 1 п. 2 ст. 149 — наличие регистрации в государственном реестре лекарственных средств (ГРЛС). Препарат должен быть зарегистрирован; сырьё, субстанции и вспомогательные вещества, которые не являются самостоятельно зарегистрированными лекарственными средствами, под льготу не подпадают и облагаются по ставке 10% (пп. 4 п. 2 ст. 164 НК РФ) или, при отсутствии в перечне, по основной ставке.
Разграничение критично для производителей и оптовых дистрибьюторов: в одной накладной могут присутствовать позиции с разными ставками — льготные (зарегистрированные препараты), 10% (перечневые товары без регистрации по ст. 149) и 22% (прочее). Каждую группу нужно учитывать раздельно.
Как реформа НДС-2026 затрагивает фармацевтику на УСН
С 1 января 2026 года для большинства налогоплательщиков основная ставка НДС составляет 22% (п. 3 ст. 164 НК РФ, 425-ФЗ от 28.11.2025). Льготная ставка 10% по п. 2 ст. 164 НК РФ — в том числе для аптечного ассортимента, попадающего в перечень, — сохранена.
Для компаний на УСН принципиально важен порог освобождения: если ваш доход за предшествующий год не превысил 20 млн руб. (п. 1 ст. 145 НК РФ в редакции 425-ФЗ), вы освобождены от НДС автоматически и никакого выбора ставки не требуется. Это освобождение действует поверх любых других льгот — вы просто не начисляете и не уплачиваете НДС с оборота.
Если доход превышает 20 млн руб., включается обязанность платить НДС, и здесь фармацевтическая компания на УСН выбирает между тремя конфигурациями:
- Конфигурация 1: льгота по ст. 149 НК РФ (при преобладании льготной продукции)
- Если основную часть оборота составляют зарегистрированные лекарственные препараты, освобождение по пп. 1 п. 2 ст. 149 работает само по себе — НДС с таких операций не начисляется. С прочего оборота НДС исчисляется по применимой ставке. Условие: вести раздельный учёт по ст. 170 НК РФ — без него вычеты теряются, а льгота оспаривается при проверке.
- Конфигурация 2: спецставка 5% при доходе до 272,5 млн руб.
- При доходе от 20 млн до 272,5 млн руб. (лимит с учётом дефлятора 1,090 на 2026 год, пп. 1 п. 8 ст. 164 НК РФ) можно выбрать ставку 5% на весь оборот. Вычеты «входящего» НДС при этой ставке не применяются (ст. 170 НК РФ). Ставка связывает на 12 последовательных кварталов (п. 9 ст. 164 НК РФ) — выйти раньше не получится. Для аптеки с незначительным «входящим» НДС от поставщиков это может быть оптимальнее, чем раздельный учёт.
- Конфигурация 3: спецставка 7% при доходе до 490,5 млн руб.
- При доходе от 272,5 до 490,5 млн руб. (лимит для ставки 7% в 2026 году, пп. 2 п. 8 ст. 164 НК РФ) — ставка 7%, также без права на вычет. Актуальна для крупных аптечных сетей и дистрибьюторов. Если доход превышает 490,5 млн руб., применяется стандартная ставка 22%, но с правом на вычеты.
Вы на УСН в фармацевтике и ваш доход превысил 20 млн руб.? Правильный выбор между льготой по ст. 149, спецставкой 5%/7% и стандартным режимом зависит от структуры вашего оборота и «входящего» НДС. Выбрав неверный вариант сейчас, вы будете связаны им 12 кварталов (п. 9 ст. 164 НК РФ) — поменять ставку до истечения этого срока нельзя.
Разобрать ситуациюРаздельный учёт: почему это самое уязвимое место в фармацевтике
Когда компания одновременно реализует льготные препараты (ст. 149 НК РФ), облагаемый ассортимент по ставке 10% и, возможно, облагаемые по 22% товары (например, косметику, БАД, не включённые в перечень), возникает обязанность вести раздельный учёт НДС (ст. 170 НК РФ). Без него ситуация выглядит так:
При отсутствии раздельного учёта вычет «входящего» НДС по товарам, используемым в льготируемых операциях, становится незаконным. Налоговый орган при камеральной проверке декларации НДС вправе снять вычеты по всей совокупности операций, если учёт не позволяет чётко разграничить их принадлежность. Это один из наиболее распространённых поводов для доначислений в аптечном сегменте.
Методология раздельного учёта должна быть закреплена в учётной политике. Она должна предусматривать:
- Раздельный учёт «входящего» НДС по каждой группе операций — льготируемые (ст. 149), облагаемые 10%, облагаемые 22%.
- Применение правила «пяти процентов» по п. 4 ст. 170 НК РФ — если доля необлагаемых операций в квартале не превышает 5% совокупных расходов, разрешено принять весь «входящий» НДС к вычету (уточните актуальный порог по действующей редакции ст. 170 НК РФ).
- Порядок ведения номенклатурного учёта: каждый SKU должен быть однозначно отнесён к льготной или облагаемой группе на основании статуса в ГРЛС.
- Порядок распределения «общехозяйственных» расходов (аренда, коммунальные услуги) пропорционально выручке от каждой группы операций.
- Документальное сопровождение: регистрационные удостоверения, выписки из ГРЛС — доступны в актуальной версии на момент реализации.
Особое внимание — биологически активным добавкам, косметике и дезинфицирующим средствам: их статус под ст. 149 НК РФ зависит от регистрации конкретного товара, и ФНС при проверке сверяет не категорию, а позицию в ГРЛС.
Как применить льготу по ст. 149 корректно: пошаговый порядок
Применение льготы по ст. 149 НК РФ не носит заявительного характера — в отличие от освобождения по ст. 145 НК РФ, уведомлять налоговый орган не требуется. Льгота применяется автоматически при соответствии условиям. Однако от этого она не становится менее уязвимой: при проверке инспектор будет проверять каждое из условий.
Практический порядок применения — четыре шага:
Шаг 1. Квалификация номенклатуры. Для каждого SKU в прайс-листе определите, является ли он зарегистрированным лекарственным препаратом в ГРЛС. Это делается на основании регистрационного удостоверения. Не смешивайте понятия: «лекарственное средство» как категория и «зарегистрированный лекарственный препарат» — разные вещи. Именно статус регистрации в ГРЛС открывает дверь к льготе.
Шаг 2. Закрепление в учётной политике. Перечень льготной номенклатуры, методология раздельного учёта, основания для отнесения расходов — всё это фиксируется в учётной политике до начала применения льготы. Внесённые позже изменения налоговый орган вправе не принять.
Шаг 3. Операционный учёт. В учётной системе каждой номенклатурной позиции присваивается признак «льготная по ст. 149» или «облагаемая», что отражается в счетах-фактурах, книге продаж и налоговой декларации. По льготным операциям выставлять счёт-фактуру не требуется (пп. 1 п. 3 ст. 169 НК РФ), однако право выставить счёт-фактуру с пометкой «Без налога (НДС)» сохраняется — это иногда требуется покупателями для внутреннего учёта.
Шаг 4. Заполнение декларации НДС. Льготные операции отражаются в разделе 7 декларации НДС. Именно раздел 7 является первичным источником для анализа при камеральной проверке — инспектор вправе истребовать пояснения и документы, подтверждающие правомерность применения льготы (ст. 88 НК РФ). Подготовьте реестр регистрационных удостоверений заранее.
Из практики. Аптечная сеть на УСН с годовым оборотом около 180 млн руб. перешла в статус плательщика НДС с 2025 года. Ассортимент — смешанный: зарегистрированные лекарственные препараты (около 70% выручки), косметика и БАД (около 15%), прочее (15%). Компания не вела раздельный учёт первые два квартала, полагая, что льгота по ст. 149 «распространяется на аптечный ассортимент в целом». По итогам камеральной проверки инспекция сняла вычеты по «входящему» НДС на всю сумму — поскольку из учёта не следовало, какая часть расходов относится к льготным, а какая к облагаемым операциям. Доначисление составило существенную сумму (обезличено). После выстраивания раздельного учёта и подачи уточнённых деклараций удалось частично восстановить право на вычет — но только с третьего квартала, с момента фактического введения раздельного учёта.
Освобождение по ст. 145 НК РФ: альтернатива для малого фармацевтического бизнеса
Если ваш доход за предшествующий год не превысил 20 млн руб. (п. 1 ст. 145 НК РФ в редакции 425-ФЗ от 28.11.2025), вы освобождены от НДС — и всё описанное выше про раздельный учёт и выбор ставки вас не касается пока этот порог не нарушен.
Для ИП-фармацевтов, небольших аптек и единичных аптечных пунктов это самый простой сценарий: НДС не начисляется, декларация по НДС не подаётся (за исключением отдельных операций как налогового агента), счёт-фактуры не выставляются. «Входящий» НДС включается в стоимость товаров и услуг.
Порог 20 млн руб. заморожен на уровне 20 млн руб. на несколько лет (закон лета 2026, законопроект № 1256655-8); конкретные годы дальнейшего снижения порога уточняются.
Важный момент для ИП: с 2026 года проценты по банковским вкладам не учитываются при расчёте порога дохода для целей освобождения — при условии, что совокупный доход за 2025 год не превысил 60 млн руб. (104-ФЗ от 25.04.2026). Это актуально для ИП-фармацевтов, имеющих вклады и получающих процентный доход.
Вы фармацевтическая компания на УСН и не уверены, какой механизм — ст. 145, ст. 149 или спецставка — даёт оптимальный результат в вашей конфигурации? Декларация НДС подаётся ежеквартально, срок — 25-е число после окончания квартала (п. 5 ст. 174 НК РФ). Ошибка в режиме применения становится видна инспектору на первой же камералке.
Получить консультациюЧто проверяет инспектор при камеральной проверке декларации фармацевтической компании
Если вы применяете льготу по ст. 149 НК РФ и отражаете льготные операции в разделе 7 декларации, камеральная проверка (ст. 88 НК РФ) может включать истребование документов, подтверждающих право на льготу. Это стандартная процедура, а не признак особого интереса к вашей компании.
Инспектор, как правило, проверяет следующее:
Статус товара в ГРЛС. Регистрационные удостоверения должны быть актуальны на дату реализации. Если срок действия удостоверения истёк — льгота неприменима, даже если товар фактически является лекарственным средством.
Наличие раздельного учёта. Инспектор запросит учётную политику и регистры, подтверждающие методологию разделения операций. Отсутствие задокументированного раздельного учёта — самый простой повод отказать в вычетах по «входящему» НДС.
Соответствие применённой ставки по облагаемым позициям. Если в обороте есть товары, облагаемые по ставке 10% (перечень п. 2 ст. 164 НК РФ), инспектор проверит их включение в правительственный перечень. Применение ставки 10% к позиции, не включённой в перечень, влечёт доначисление по ставке 22% с 2026 года.
Раздел 7 и соответствие сумм в книге продаж. Суммы по льготным операциям в разделе 7 должны сходиться с суммами в книге продаж. Расхождения — повод для требования пояснений (ст. 88 НК РФ), а при непредставлении — для выезда или углублённой проверки.
Судебная практика по спорам о применении ст. 149 в фармацевтике демонстрирует устойчивую позицию: суды при оценке правомерности льготы проверяют реальность регистрации препарата, актуальность регистрационного удостоверения и наличие документально подтверждённого раздельного учёта. Обобщённого «аптечного» характера деятельности для защиты льготы недостаточно.
Отказ от льготы: когда это выгодно
Статья 149 НК РФ предусматривает возможность отказа от освобождения по операциям п. 3 ст. 149 НК РФ — но не по операциям п. 2. Это принципиальное разграничение: большинство фармацевтических льгот закреплены в п. 2 ст. 149, и отказаться от них в заявительном порядке нельзя.
Вместе с тем вопрос «облагать или нет» на практике решается через выбор режима и ставки: компания на УСН с доходом выше 20 млн руб. и значительным «входящим» НДС может предпочесть применение ставки 22% к облагаемому обороту с правом на вычеты — вместо ограниченных спецставок 5%/7% без вычетов. В фармацевтике с высокой долей товарных закупок у плательщиков НДС это может давать лучший экономический результат, чем «простота» спецставки.
Расчёт по каждой ситуации строится индивидуально: сравниваются сумма НДС к уплате при каждом варианте с учётом структуры «входящего» НДС, объёма льготных операций и лимитов применения спецставок (272,5 и 490,5 млн руб. в 2026 году). Универсальной формулы нет.
Частые вопросы
1. Нужно ли выставлять счета-фактуры на УСН?
Если компания на УСН освобождена от НДС — либо по ст. 145 НК РФ (доход за год не превышает 20 млн руб.), либо применяет льготу по ст. 149 НК РФ — счёт-фактуру выставлять не нужно. При выборе ставки 5% или 7% счета-фактуры обязательны, иначе покупатель не сможет принять НДС к вычету. По льготным операциям можно выставить счёт-фактуру с пометкой «Без налога (НДС)» — при наличии запроса со стороны контрагента.
2. Можно ли применять вычеты при пониженной ставке?
При ставке 5% или 7% плательщик на УСН не вправе принимать «входящий» НДС к вычету — он включается в стоимость приобретённых товаров и услуг (ст. 170 НК РФ). Вычеты доступны только при переходе на общий режим или при применении ставки 22% (стандартной). Это ключевой финансовый параметр при выборе ставки: если доля «входящего» НДС высока, спецставка может оказаться невыгодной.
3. Что меняется по НДС с 2026 года?
С 1 января 2026 года основная ставка НДС повышается с 20% до 22% (п. 3 ст. 164 НК РФ, 425-ФЗ). Порог освобождения от НДС на УСН по ст. 145 НК РФ составляет 20 млн руб. дохода за предыдущий год (176-ФЗ в ред. 425-ФЗ). Лимиты применения спецставок с учётом дефлятора 1,090 (приказ МЭР от 06.11.2025 № 734): 272,5 млн руб. — для ставки 5%, 490,5 млн руб. — для ставки 7%. Льготная ставка 10% и освобождения по ст. 149 НК РФ сохраняются.
4. Как уведомить об освобождении от НДС?
Для получения освобождения по ст. 145 НК РФ необходимо подать уведомление в налоговый орган. Для плательщиков на УСН, чей доход за предыдущий год не превысил 20 млн руб., освобождение применяется без подачи отдельного уведомления. Уточните актуальный формат уведомления по действующей редакции НК РФ и разъяснениям ФНС.
5. Что даёт освобождение по ст. 145 НК РФ?
Освобождение по ст. 145 НК РФ означает, что организация или ИП не начисляют и не уплачивают НДС со своих операций — при условии, что доход за предшествующий год не превысил 20 млн руб. «Входящий» НДС от поставщиков при освобождении к вычету не принимается — он включается в стоимость приобретённых товаров и услуг. Декларацию по НДС в общем случае подавать не нужно.
6. Какая продукция фармацевтической отрасли освобождена от НДС по ст. 149?
Статья 149 НК РФ освобождает от НДС реализацию лекарственных препаратов, медицинских изделий и ряда медицинских услуг. Для лекарственных препаратов обязателен факт их включения в ГРЛС (государственный реестр лекарственных средств). Сырьё, вспомогательные вещества и субстанции, не зарегистрированные как самостоятельные препараты, под льготу не подпадают — к ним применяется ставка 10% по п. 2 ст. 164 НК РФ или стандартная ставка.
Материал носит информационный характер и не является юридической консультацией. Нормативное регулирование НДС меняется — уточняйте актуальность данных по действующей редакции НК РФ и разъяснениям ФНС России.